看到许多GEO中的数据集，只有肿瘤样本（活检或细胞系），这样的没有正常样本或者不同处理的数据集，可以怎么分析，用来做什么？
因为大多数文章都是第一步做差异分析的，没有对照样本可咋做。
问的问题比较笨，见谅
不知道邀请谁？试试他们
GEO大多数都有control,你说的应该是TCGA里面吧，里面有些肿瘤的癌旁测序数据只有3个甚至1个。
有一个测人体正常组织器官的网站gTEX。
附传送门:https://www.gtexportal.org/home/index.html
你下载后，直接跟肿瘤组织的表达矩阵文件merge一下。
虽然只能merge相同基因，得到的基因数会减少，但总比没有正常样本强吧。
希望有帮助到你，祝好运~
康小杨GEO大多数都有control,你说的应该是TCGA里面吧，里面有些肿瘤的癌旁测序数据只有3个甚至1个。有一个测人体正常组织器官的网站gTEX。附传送门:https://www.gtexportal.org/home/index.html你下载后，直接跟肿瘤组织的表达矩阵文件merge一下。虽然只能merge相同基因，得到的基因数会减少，但总比没有正常样本强吧。希望有帮助到你，祝好运~
这个可以直接merge吗?
会不会存在实验方法不同之类，导致误差呢?
