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关于GEO，TCGA中是下载count，还是FPKM

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楼主

欧阳雨穗

常驻站友

1楼

到底下载哪一个数据进行分析呀，FPKM海需要log2+1标准化么，哪个庚符合SCI要求

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2020-02-10 08:26 来自 Android客户端浏览 : 341 回复 : 8

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2楼

counts

2020-02-10 17:45 来自 iPhone/iPad客户端

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• 诡异的死亡，2小时前还在开玩笑

不可积函数

入门站友

3楼

都可以吧，看你自己的科研需求。另外，不建议使用FPKM了，建议使用TPM。

2020-02-11 00:07 来自 Android客户端

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• 规培时候的你，经历过哪些印象深刻的病例？

dxy_4phutdx6

常驻站友

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4楼

GEO主要是microarry的数据，最好下载原始cel文件进行处理；TCGA都是RNAseq的数据，至于count还是fpkm,要看你做哪方面的研究，比如做差异分析的话最好从count层面开始做，希望对你有帮助。

2020-02-11 10:32

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