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limma对TCGA的FPKM表达数据差异分析求助

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楼主

dxy_yirsk2pe

入门站友

1楼

问题已解决悬赏丁当:2

我从TCGA上下载了肿瘤的FPKM表达数据，想用R语言的limma包对其做差异分析。

用过这个包的通知都知道，其输入是要求log转化后的表达量的。经观察，我发现下载

的FPKM数据的表达值最大都不超过50，所以怀疑是不是已经做过log转化了。有没有

哪位大神知道TCGA官网上的FPKM数据，有没有经过log转化，我要用limma对其进行

差异分析的话，还需不需要再次log化？

下图是我将多个样本的FPKM表达情况整理成的表达矩阵：

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2019-11-24 21:18 浏览 : 8671 回复 : 9

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参赛者

肿瘤内科

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2楼

满意答案

建议下载counts 数据进行DESEQ2包或者EDGR包差异分析

2019-11-25 08:51 来自 iPhone/iPad客户端

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• 一图解读｜血常规化验单

yjz1990

常驻站友

3楼

满意答案

这个直接分析就可以，不用再转了

2019-11-25 11:25 来自 Android客户端

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楼主

dxy_yirsk2pe

入门站友

4楼

参赛者
建议下载counts 数据进行DESEQ2包或者EDGR包差异分析

因为之前的一组RSEM数据就是用limma分析的，所以想统一用limma分析，就下载了FPKM数据

2019-11-26 21:47

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