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走近NCBI(一)——高效筛选文献

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楼主 小冲啊小冲
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Question:

最近研究生小桦的导师为他定了研究的主方向为“肥胖”,具体的研究细节(包括构建什么模型,研究什么分子或通路等)交由小桦自己来决定。然而小桦同学初次接触科研,只粗略地听科里师兄师姐们说过“要多读文献”,“要从文献中找灵感”等,但是具体的执行方案却浑然不知,眼看着就要到汇报的日子了,倍感焦头烂额,我们应该怎样帮帮他呢?


事实上,这种情况在现实中并不少见,特别是对于初次接触科研的朋友们,更像是一场“噩梦”。那么,新手们该如何有效地化解这场“危机”,稳稳地拿到“新手村”的经验呢?我们将分几期内容为大家详细讲解。通过掌握一些小技巧,让整个研究计划有迹可循,有理有据。


高效检索策略


文献检索对于大家来说一点也不陌生,然而如何高效地检索到自己期望的关键文献可能还需要“东风”的助力,这一“东风”,我们一般又称为“滤器”(filter)。PubMed是研究者们最常用的文献检索系统之一,我们将利用这一工具让大家的检索方式“高级”起来。


01.传统检索模式


打开PubMed,直接输入关键词或主题词(Mesh),如“diabetes”,点击“search”即可。主题词(Mesh)检索模式或者高级检索模式(Advanced),如下所示。


录入检索信息

主题词检索

高级检索


利用PubMed左侧自带的滤器对检索到的文章进行二次筛选(比如我只关注近五年内糖尿病的相关英文综述,即可勾选“review”和“5 years”,如下所示)。


滤器(Filter)


02.高级滤器


很多时候我们更想要关注顶级期刊(如CNS)或高影响因子的杂志(如IF﹥10)中关于“diabetes”的研究论著,那么如何让这些杂志的相关内容自动筛选出来呢?这里就需要使用“滤器”功能。


首先,我们需要先注册一个NCBI的账号,点击PubMed页面左上角的“Sign in”进行邮箱注册。注册完毕后返回初始界面,会发现页面左上角显示了你的账户以及“Sign out”选项。如下所示。


注册NCBI账号


点击“My NCBI”,进入管理界面,可以看到“检索历史”,“保存检索内容”,“滤器”,“收藏”等功能。点击“Filter”选项卡右下方的的“Manage Filters”,如下。


高级滤器(Filter)


在弹出的界面内点击“Create custom filter”,进行滤器的自定义设计。比如我们想知道“Cell”和“Nature”上关于“diabetes”的研究论著,编辑公式”Cell”[Journal],自定义名称,保存即可,如下所示。


滤器自定义设计


激活这些滤器,返回PubMed界面,重新搜索“diabetes”,在页面的右侧就会看到你所设计的那些滤器,点击进入即可直接进入关心的领域。


激活滤器

检索结果


同理,高影响因子杂志的滤器设计也可如法炮制。只需要在Web of Science上搜索JCR(Journal Citation Reports)结果即可(也可网上直接搜索)。根据影响因子的范围选择相应的杂志并复制杂志名称到Word中(纯文本),如下图所示。


JCR结果

复制文本


然后将“段落标记”全部替换为”[Journal]”(注意英文模式,大小写等),将最后一个引号置于句首即可完成。将这一筛选式复制到自定义滤器的对话框中,自定义为“IF﹥10”,之后操作同上。


全部替换

调整


03.自动推送


如果我们希望邮箱里定期自动向我们推送一些关心内容的文献,可以这样操作:


当我们比较关心某一检索内容时(如“diabetes”),反映在PubMed上就是关心某一检索式时,可以点击“Create alert”,定期让邮箱为我们发送这一检索式下的最新文献,可以调整发送的日期(每周的星期几推送?),频率(周更还是月更?),文章的数量和格式(推送几篇文献?)等(如下所示),然后就静静等待那天邮箱里为你寄来的“宝藏”吧。


定期邮箱推送

细节参数调整

-----------------

以上。喜欢的朋友们可以关注我的微信公众号“小虫带你学实验”,谢谢你的支持与关注!!!

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2019-11-09 13:58 浏览 : 412 回复 : 0
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