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芯片原始数据cel与处理后的matrix相比有什么优势？

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楼主 赢轩辕
赢轩辕
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请教各位大神，

GEO有原始文件和matrix处理文件提供下载，

那么下载cel文件自己分析与matrix文件分析相比有什么优势呢？

或者说matrix文件有什么缺陷？

谢谢！
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2019-04-24 10:55 浏览 : 3726 回复 : 3
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stringson
stringson
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  • 2楼

这个问题，是在问：原始文件与处理后文件相比，优势在哪？


因为你提到的是cel文件，那么，暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来，放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的，cel文件是原始文件，它的好处是：

1、你和作者站在相同的起点，那么，作者如有分析错误，就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟，分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件，应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如，别人关注编码基因，你就关注非编码基因。



建议：

如是你文章的关键结果，建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果，先看看matrix，如果结果不错，那就用。附带着，还不用写文章这部分的method了。
2019-04-24 17:11
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楼主 赢轩辕
赢轩辕
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stringson

这个问题，是在问：原始文件与处理后文件相比，优势在哪？


因为你提到的是cel文件，那么，暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来，放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的，cel文件是原始文件，它的好处是：

1、你和作者站在相同的起点，那么，作者如有分析错误，就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟，分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件，应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如，别人关注编码基因，你就关注非编码基因。



建议：

如是你文章的关键结果，建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果，先看看matrix，如果结果不错，那就用。附带着，还不用写文章这部分的method了。


膜拜大神，感谢解惑！
2019-04-26 09:26
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羊驼驼啊
羊驼驼啊
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stringson

这个问题，是在问：原始文件与处理后文件相比，优势在哪？


因为你提到的是cel文件，那么，暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来，放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的，cel文件是原始文件，它的好处是：

1、你和作者站在相同的起点，那么，作者如有分析错误，就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟，分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件，应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如，别人关注编码基因，你就关注非编码基因。



建议：

如是你文章的关键结果，建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果，先看看matrix，如果结果不错，那就用。附带着，还不用写文章这部分的method了。



matrix下载下来还可以处理吗，比如发现matrix没有log2，自己可以用R对它进行log2处理吗
2020-11-09 19:46 来自 Android客户端
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