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芯片原始数据cel与处理后的matrix相比有什么优势?

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楼主 赢轩辕
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请教各位大神,

GEO有原始文件和matrix处理文件提供下载,

那么下载cel文件自己分析与matrix文件分析相比有什么优势呢?

或者说matrix文件有什么缺陷?

谢谢!

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2019-04-24 10:55 浏览 : 3854 回复 : 3
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这个问题,是在问:原始文件与处理后文件相比,优势在哪?


因为你提到的是cel文件,那么,暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来,放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的,cel文件是原始文件,它的好处是:

1、你和作者站在相同的起点,那么,作者如有分析错误,就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟,分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件,应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如,别人关注编码基因,你就关注非编码基因。



建议:

如是你文章的关键结果,建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果,先看看matrix,如果结果不错,那就用。附带着,还不用写文章这部分的method了。


2019-04-24 17:11
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楼主 赢轩辕
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stringson

这个问题,是在问:原始文件与处理后文件相比,优势在哪?


因为你提到的是cel文件,那么,暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来,放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的,cel文件是原始文件,它的好处是:

1、你和作者站在相同的起点,那么,作者如有分析错误,就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟,分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件,应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如,别人关注编码基因,你就关注非编码基因。



建议:

如是你文章的关键结果,建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果,先看看matrix,如果结果不错,那就用。附带着,还不用写文章这部分的method了。


膜拜大神,感谢解惑!

2019-04-26 09:26
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stringson

这个问题,是在问:原始文件与处理后文件相比,优势在哪?


因为你提到的是cel文件,那么,暂且认为你关注的是基因表达数据。


我们先看处理后文件有何优势吧。我觉得最重要的是——对医生友好。因为下载下来,放进excel就可以查看基因的表达水平。

缺点是——

1、你不知道它是如何从cel到matrix的。越来越少的提交者愿意描述分析时使用的具体软件和参数。

2、你甚至不能确定这个matrix是没问题的。你会发现一些matrix根本没有做归一化。log2处理后看着也不大对。


与之相对的,cel文件是原始文件,它的好处是:

1、你和作者站在相同的起点,那么,作者如有分析错误,就不会影响到你。

2、你可以选择更为靠谱的分析流程。毕竟,分析软件也在迭代更新。你用2019年的软件,应比2010年的软件靠谱些。

3、还存在自己重新分析的可能性。比如,别人关注编码基因,你就关注非编码基因。



建议:

如是你文章的关键结果,建议使用cel进行重新分析。

如是你文章的辅助结果,先看看matrix,如果结果不错,那就用。附带着,还不用写文章这部分的method了。



matrix下载下来还可以处理吗,比如发现matrix没有log2,自己可以用R对它进行log2处理吗
2020-11-09 19:46 来自 Android客户端
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