#20190119

1，常用的生物信息学习网站

生信菜鸟团：http://www.bio-info-trainee.com/（初学）
生信技能树：http://www.biotrainee.com/
生信人：https://shengxin.ren/
biostars：https://www.biostars.org/ （重点）
基友网站：https://github.com/（代码）
 
2，R语言初步介绍
  2.0  学习资料推荐 ：R语言编程艺术
  2.1  环境搭建：R/Rstudio/Notepad/NppToR/everything
  2.2 R包安装
         2.21 查看帮助文档
         2.22 镜像
         2.23 设置镜像
          options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
          options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN")
          options(CRAN="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN")
         2.24 安装
          install.packages()
          installed.packages()
          remove.packages()
          source("https://bioconductor.org/biocLite.R")(https or http)
          biocLite("DESeq2")
          p_load():pacman包
          if (!require("pacman"))
           install.packages("pacman", repos = 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/')
          verson
          install_github()略过
        2.25 加载
         library()
         require()
         attach()
         detach()
       2.26 学会看报错信息
  2.3 命名规范，写代码习惯
  2.4 数据格式介绍   
  2.5 基本读写操作
  2.6 字符串处理
  2.7 循环
  2.8 函数
 
 
3，TCGA临床资料下载
  3.0  TCGA barcode介绍(重点)
  3.1  TCGA官网下载
  3.2  GDAC Firehose下载 http://gdac.broadinstitute.org/
  3.3  UCSC Xena http://xena.ucsc.edu/  
  3.4  UCSC Cancer Browser（不再更新）https://genome-cancer.ucsc.edu/
  3.5  cBioportal http://www.cbioportal.org/
  3.6  TCGABiolinks（R包）
 
作业：TCGA官网下载的临床资料的xml格式文件，用R处理，整理成表格。(提示：使用xml包)
 
 
最后提一下搜索技巧，灰常有用：
https://jingyan.baidu.com/article/359911f59e75b557fe030682.html
 
 
 

后记：明天要给别人讲这么多东西，其实也不多吧............................

Bioconducor 的说明过时了啊，现在已经不是 source() + biocLite() 了 

https://bioconductor.org/install/#install-bioconductor-packages