• 论坛首页
  • 我的丁香客
  • 找人
    查找好友
  • 更多
    丁香园
    丁香通
    丁香人才
    丁香会议
    丁香搜索
    丁香医生
    丁香无线
    丁香导航
    丁当铺
    文献求助
    医药数据库
    丁香诊所
    来问医生
登录 注册

生物信息

关注今日:4 | 主题:140340
论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  NGS & Microarray
  • 发帖
    每发1个新帖
    可以获得0.5个丁当奖励
  • 回帖

分享到:

  • 微信

    微信扫一扫

  • 微博
  • 丁香客
  • 复制网址

【资料整理】生信基础入门(一)

  • 只看楼主
  • 页码直达:
  • 直达末页
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 596
    得票
  • 209
    丁当
  • +2 积分
  • 1楼
这个帖子发布于2年零39天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

#20190119

1,常用的生物信息学习网站

生信菜鸟团:http://www.bio-info-trainee.com/(初学)
生信技能树:http://www.biotrainee.com/
生信人:https://shengxin.ren/
biostars:https://www.biostars.org/ (重点)
基友网站:https://github.com/(代码)
 
2,R语言初步介绍
  2.0  学习资料推荐 :R语言编程艺术
  2.1  环境搭建:R/Rstudio/Notepad/NppToR/everything
  2.2 R包安装
         2.21 查看帮助文档
         2.22 镜像
         2.23 设置镜像
          options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
          options(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN")
          options(CRAN="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN")
         2.24 安装
          install.packages()
          installed.packages()
          remove.packages()
          source("https://bioconductor.org/biocLite.R")(https or http)
          biocLite("DESeq2")
          p_load():pacman包
          if (!require("pacman"))
           install.packages("pacman", repos = 'https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/')
          verson
          install_github()略过
        2.25 加载
         library()
         require()
         attach()
         detach()
       2.26 学会看报错信息
  2.3 命名规范,写代码习惯
  2.4 数据格式介绍   
  2.5 基本读写操作
  2.6 字符串处理
  2.7 循环
  2.8 函数
 
 
3,TCGA临床资料下载
  3.0  TCGA barcode介绍(重点)
  3.1  TCGA官网下载
  3.2  GDAC Firehose下载 http://gdac.broadinstitute.org/
  3.3  UCSC Xena http://xena.ucsc.edu/  
  3.4  UCSC Cancer Browser(不再更新)https://genome-cancer.ucsc.edu/
  3.5  cBioportal http://www.cbioportal.org/
  3.6  TCGABiolinks(R包)
 
作业:TCGA官网下载的临床资料的xml格式文件,用R处理,整理成表格。(提示:使用xml包)
 
 
最后提一下搜索技巧,灰常有用:
https://jingyan.baidu.com/article/359911f59e75b557fe030682.html
 
 
 



























































 


后记:明天要给别人讲这么多东西,其实也不多吧............................

 
 







  • 邀请讨论
  • 不知道邀请谁?试试他们

    换一换
2019-01-19 20:18 浏览 : 22548 回复 : 32
  • 投票 45
  • 收藏 753
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
湖心 编辑于 2019-01-19 20:23
  • • 【晒证书】中级证书已发放,你的纸质证书到手了吗?来晒晒吧!
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 596
    得票
  • 209
    丁当
  • 2楼

师傅领进门,修行考自个~~~

各位大侠加油~~~

有缘江湖见~~~

2019-01-19 20:24
  • 投票 2
  • 收藏 1
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 上海市2021年2月CPC病例讨论(已揭秘)
尚目目
尚目目
科室保密
铁杆站友

  • 13
    积分
  • 98
    得票
  • 615
    丁当
  • +5 丁当
  • 3楼

Bioconducor 的说明过时了啊,现在已经不是 source() + biocLite() 了 


https://bioconductor.org/install/#install-bioconductor-packages

2019-01-27 13:31
  • 投票 2
  • 收藏 3
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 【经验分享】要就业了,工作单位怎么选?
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 596
    得票
  • 209
    丁当
  • 4楼
尚目目

Bioconducor 的说明过时了啊,现在已经不是 source() + biocLite() 了 


https://bioconductor.org/install/#install-bioconductor-packages

 恩 但是还是可以用啊 嘿嘿

2019-01-29 08:48
  • 投票 2
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 冠状病毒-宿主免疫互作的全景动态机制与干预策略重大研究计划2021年度项目指南

关闭提示

需要2个丁当

丁香园旗下网站

  • 丁香园
  • 用药助手
  • 丁香通
  • 文献求助
  • 丁香人才
  • 丁香医生
  • 丁香导航
  • 丁香会议
  • 手机丁香园
  • 医药数据库

关于丁香园

  • 关于我们
  • 丁香园标志
  • 友情链接
  • 联系我们
  • 加盟丁香园
  • 版权声明
  • 资格证书

官方链接

  • 丁香志
  • 丁香园新浪微博
引用回复