应用三联方或者是四联方治疗幽门螺杆菌感染时，由于其中有阿莫西林，甲硝唑等抗菌药，且使用周期为7-14天，易导致抗生素相关性腹泻、假膜性肠炎的发生。该不良反应的发生除了与抗生素相关外，质子泵抑制剂使胃酸浓度降低也是一个重要因素。因此欧美和日本等对Hp感染者接受治疗后发生的相关性腹泻十分关注。有研究表示，三联方抗Hp治疗对功能性消化不良患者肠道微生物的影响。结果显示，治疗后肠道菌群失调，60%的患者出现食欲缺乏、腹泻症状。

这是因为长时间、大剂量口服广谱抗生素后，肠道益生菌被抑制或杀灭，而耐药性致病菌和过路菌则大量繁殖，使肠道正常微生物群所构建的生物屏障和生物拮抗作用受到破坏，功能絮乱，从而导致内源性或外源性感染性腹泻发生。

近年来在抗Hp感染治疗中，微生态疗法的应用为腹泻的防治提供了新思路。亚太胃肠病学会主席、中华医学会第六届消化病学分会主任委员萧树东教授等所做的荟萃分析表明，三联疗法联合益生菌可有效提高标准三联疗法的Hp根除率，降低根除过程中的不良反应发生率。临床上广泛采用益生菌制剂调整微生态失调，促进内环境的稳定。通过增加腹泻者肠道内有益菌的数量和活力，抑制致病菌的生长，恢复正常的菌群平衡，对缓解腹泻症状起到良好的预防和治疗作用，且无明显的不良反应。

临床研究报道在三联方中加入益生菌，结果所有补充益生菌的患者，其腹泻、纳差和味觉障碍症状均明显减少。日本学者报道，酪酸梭菌能保持肠道内必需厌氧菌不被抗生素减少，抑制克雷伯菌和肠球菌过度增长，维持肠道正常的微生态平衡，还能提高Hp的根除率。

益生菌酸性代谢产物和细菌素还可干扰Hp在胃黏膜的黏附、定植，减轻Hp相关性胃炎的黏膜损害。Izumi Shimbo等观察了酪酸梭菌根除Hp感染的疗效，结果发现在临床上提前7天及7天治疗过程中序贯使用酪酸梭菌制剂，能明显提高Hp的根除率，治疗组的根除率达94.4%，而对照组仅为76，5%；减少胃肠道不良反应的效果也非常明显，对照组为35.3%，而治疗组仅为5.6%。酪酸梭菌提高Hp根除率的机制主要是提高黏膜IgA的高表达和增强细胞免疫、体液免疫。