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论文写作投稿

关注今日:43 | 主题:833755
论坛首页  >  论文写作和投稿交流天地
该话题已被移动 - 秋律桑呀 , 2018-08-29 16:19
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楼主 Asukaaaa
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这个帖子发布于2年零230天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

没时间进行「湿实验」的临床医生或医学生; 对基础研究不熟悉的人员;想从芯片、测序海量数据中,获取有效的信息的科研人员;想通过生信分析提升研究基础的各类科研人员等等,都离不开「数据库」。

数据库有很多,接下来就给大家推荐几个常用的数据库,快收藏起来吧。


一、基因表达数据集

1. UCSC(http://genome.ucsc.edu/)

UCSC Genome Browser 基因组浏览器,根据基因组的位置、ID 等信息进行浏览,提供了 80 多个物种的基因组信息,可视化内容齐全,用户可根据需要加入注释信息。

2. Ensemble(https://asia.ensembl.org/index.html/)

Ensemble Genome Browser 在对真核生物的注释上功能非常强大,可以做到准确、全自动。


二、表达谱数据库

3. GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/)

Gene Expression Omnibus 世界上最大最全面的公共基因表达数据资源

4. Oncomine (https://www.oncomine.org/)

Oncomine 大型肿瘤基因芯片数据库,可用于分析基因表达差异。

5. ArrayExpress(https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)


三、肿瘤数据库

6. Cosmic(https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic)

Cosmic 最大的癌症基因突变数据库

7. TCGA(https://cancergenome.nih.gov/)

TCGA 与癌症基因组改变有关的数据库

8. cBioPortal(http://www.cbioportal.org/)

cBioPortal 整合了 126 个肿瘤基因组研究的数据,无需注册就能直接使用


四、miRNA分析预测

9. StarBase(http://starbase.sysu.edu.cn/)

StarBase 是研究 IncRNA/circRNA/microRNA 常用的数据库

10. miRBase(http://www.mirbase.org/)

著名的 miRBase 数据库之一,为研究者免费提供 miRNA 序列注释、预测基因靶标等信息

11. TargetScan(http://www.targetscan.org/)


五、疾病数据库

12. MalaCards(http://www.malacards.org/)

MalaCards 总结疾病相关信息,简便查询和了解疾病现状。


六、血管单细胞数据库

血管单细胞数据库(http://betsholtzlab.org/VascularSingleCells/database.html)是研究脑血管和肺血管的强大数据库。


(转载自:科研论文时间公众号)

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2018-08-29 16:19 浏览 : 19104 回复 : 26
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秋律桑呀 编辑于 2018-08-29 16:25
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有用,谢谢楼主,收藏了。


2018-08-31 12:46 来自 Android客户端
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2018-08-31 14:10
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有用,收藏了。谢谢!


2018-08-31 19:40 来自 Android客户端
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