• 论坛首页
  • 我的丁香客
  • 找人
    查找好友
  • 更多
    丁香园
    丁香通
    丁香人才
    丁香会议
    丁香搜索
    丁香医生
    丁香无线
    丁香导航
    丁当铺
    文献求助
    医药数据库
    丁香诊所
    来问医生
登录 注册

生物信息

关注今日：13 | 主题：139733
论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  NGS & Microarray
  • 发帖
    每发1个新帖
    可以获得0.5个丁当奖励
  • 回帖

分享到：

  • 微信

    微信扫一扫

  • 微博
  • 丁香客
  • 复制网址

GEO数据下载非常慢的解决办法

  • 查看全部
  • 页码直达：
  • 直达末页
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 586
    得票
  • 209
    丁当
  • +1 积分
  • 1楼
这个帖子发布于2年零147天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

办法一    使用服务器下载

1，根据数据链接的特点生成每一个数据下载链接的ftp，如

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tar

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE19nnn/GSE19615/suppl/GSE19615_RAW.tar

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE6nnn/GSE6532/suppl/GSE6532_RAW.tar


2，使用命令wget下载，生成.sh文件批量投递下载

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tar

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE19nnn/GSE19615/suppl/GSE19615_RAW.tar

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE6nnn/GSE6532/suppl/GSE6532_RAW.tar


大家有更好的办法欢迎跟帖～～～



#20190114

4、断点续传

wget -c https://xx.com/xx

关于大文件比较有用，可能由于网络而中止。

5、后台下载

wget -b https://xx.com/xx

7、批次下载多个文件

wget -i filelist.txt

咱们制作一个filelist.txt文件，然后文档中安排多个文件需要下载。一行一个链接文件。

 




方法二  linux下载神器-axel

1，linux下载神器-axel

懒得自己写帖子了，这个下载与wget相比在与wget是单线程，二axel是多线程，速度快多了！！！
  • 邀请讨论

    • 不知道邀请谁？试试他们

    换一换
2018-08-23 09:09 浏览 : 21984 回复 : 17
  • 投票 6
  • 收藏 78
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
湖心 编辑于 2019-04-28 14:20
  • • 选择哪个内科方向
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 586
    得票
  • 209
    丁当
  • +8 丁当
  • 3楼
你说呢啊

再笨一点的方法可以直接迅雷去下载原始文件，速度比较快，保存本地后直接读取

恩，我试过：

1，迅雷下载（包括开通会员）

2，IMD下载

3，还有腾讯的一款下载软件qq旋风

4，还有R语言的GEOquery包

有些数据集合这几种办法都不行，比如上面这几种，一开始以为是我的网络问题，让别人帮忙下载也是一会就断掉，针对这种情况，我试了上面的办法，就挺好使的。
2018-08-24 09:07
  • 投票 4
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 调查：你们医院发年终奖吗？
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 586
    得票
  • 209
    丁当
  • +5 丁当
  • 5楼
2017-8-17

如何生成每一个数据下载链接的ftp？详细说明好一些，例如GSE19615

你仔细看一下ftp链接的特点会找到一些规律～～～
2018-08-29 08:54
  • 投票 1
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 《急诊每日一题》导致假性高钾血症的2个原因 2021年1月10日
楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
丁香园准中级站友

  • 145
    积分
  • 586
    得票
  • 209
    丁当
  • +5 丁当
  • 7楼

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPLnnn/GPL96/annot/GPL96.annot.gz


https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL13nnn/GPL13534/suppl/GPL13534_HumanMethylation450_15017482_v.1.1.csv.gz
2019-05-03 18:06
  • 投票 1
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享

    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
湖心 编辑于 2019-05-11 16:32
  • • 2020年广东高级评审结果已出！

关闭提示

需要2个丁当

丁香园旗下网站

  • 丁香园
  • 用药助手
  • 丁香通
  • 文献求助
  • 丁香人才
  • 丁香医生
  • 丁香导航
  • 丁香会议
  • 手机丁香园
  • 医药数据库

关于丁香园

  • 关于我们
  • 丁香园标志
  • 友情链接
  • 联系我们
  • 加盟丁香园
  • 版权声明
  • 资格证书

官方链接

  • 丁香志
  • 丁香园新浪微博
引用回复