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GEO数据下载非常慢的解决办法

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楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
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这个帖子发布于2年零147天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

办法一    使用服务器下载

1,根据数据链接的特点生成每一个数据下载链接的ftp,如

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tar

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE19nnn/GSE19615/suppl/GSE19615_RAW.tar

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE6nnn/GSE6532/suppl/GSE6532_RAW.tar


2,使用命令wget下载,生成.sh文件批量投递下载

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE21nnn/GSE21653/suppl/GSE21653_RAW.tar

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE19nnn/GSE19615/suppl/GSE19615_RAW.tar

wget    ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE6nnn/GSE6532/suppl/GSE6532_RAW.tar


大家有更好的办法欢迎跟帖~~~



#20190114

4、断点续传

wget -c https://xx.com/xx

关于大文件比较有用,可能由于网络而中止。

5、后台下载

wget -b https://xx.com/xx

7、批次下载多个文件

wget -i filelist.txt

咱们制作一个filelist.txt文件,然后文档中安排多个文件需要下载。一行一个链接文件。

 




方法二  linux下载神器-axel

1,linux下载神器-axel

懒得自己写帖子了,这个下载与wget相比在与wget是单线程,二axel是多线程,速度快多了!!!






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2018-08-23 09:09 浏览 : 21984 回复 : 17
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湖心 编辑于 2019-04-28 14:20
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楼主 ScorpioGirls
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你说呢啊

再笨一点的方法可以直接迅雷去下载原始文件,速度比较快,保存本地后直接读取

恩,我试过:

1,迅雷下载(包括开通会员)

2,IMD下载

3,还有腾讯的一款下载软件qq旋风

4,还有R语言的GEOquery包

有些数据集合这几种办法都不行,比如上面这几种,一开始以为是我的网络问题,让别人帮忙下载也是一会就断掉,针对这种情况,我试了上面的办法,就挺好使的。







2018-08-24 09:07
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楼主 ScorpioGirls
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2017-8-17

如何生成每一个数据下载链接的ftp?详细说明好一些,例如GSE19615

你仔细看一下ftp链接的特点会找到一些规律~~~

2018-08-29 08:54
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楼主 ScorpioGirls
ScorpioGirls
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https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPLnnn/GPL96/annot/GPL96.annot.gz


https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/platforms/GPL13nnn/GPL13534/suppl/GPL13534_HumanMethylation450_15017482_v.1.1.csv.gz



2019-05-03 18:06
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湖心 编辑于 2019-05-11 16:32
  • • 2020年广东高级评审结果已出!

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