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生物信息

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求助：如何利用cytoscape软件在PPI网络中筛选出hub genes？

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楼主 shenao1017
shenao1017
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这个帖子发布于2年零297天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

本人最近刚开始接触生物信息，纯菜鸟，拜读了一篇文献（如附件所示），读到最后一个结果处（即在PPI网络中筛选hub genes，再做GO和KEGG富集分析）根本看不懂作者是如何筛选出来hub genes的，请问各位大神这篇文献是用什么样的具体方法和步骤得出来那个结果的呢？请前辈们赐教，感激不尽！



  • Identification of Key Genes and Pathways in Tongue Squamous Cell Carcinoma Using Bioinformatics Analysis.pdf(1197.24k)
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2018-04-05 23:35 浏览 : 19504 回复 : 27
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楼主 shenao1017
shenao1017
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请大家多多指教啊！！🙏🙏
2018-04-06 12:12 来自 Android客户端
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楼主 shenao1017
shenao1017
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  • 5楼
逗逼1号
key nodes筛选作者貌似是3种参数综合起来得到的结果，我一般都在R里做，cytoacape里我记得有个插件可以做的，我好久不用cytoscape了，回头给你找找

非常感谢您啊！期待您的指教！
2018-04-08 16:02 来自 Android客户端
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楼主 shenao1017
shenao1017
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  • 6楼
dxy_zl4p7va6

用cytoscape里面的MCODE插件，根据节点degree值大小进行筛选



我看文章里用的是cytoNCA插件做的，请问这个具体该怎么做呢？请您指教！
2018-04-08 16:03 来自 Android客户端
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