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SNP关联分析问题

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楼主

香气女子

入门站友

1楼

这个帖子发布于2年零362天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已关闭悬赏丁当:2

1.某个基因重测序后得到了一些SNP，用这些SNP跟某含量性状关联分析，用的是一般线性模型，但是表型数据不符合正太分布，用什么方法分析？

2.用haploview分析，得到了单倍型，单倍型怎么跟表型关联分析

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2018-01-23 20:19 浏览 : 6162 回复 : 2

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楼主

香气女子

入门站友

2楼

求大神啊

2018-01-23 23:01

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段段-53228

入门站友

3楼

你好，请问你是学遗传的吗？我最近写的一篇文章里设计到了SNP和某疾病的易感性，奈何不是学遗传的，编辑提了一堆专业问题，也是求救无门，想问问你懂不懂连锁不平衡啊，大概意思是在不考虑环境因素的影响下，单纯研究4个SNP位点与疾病的关系，分为了病例组200例，对照组200例，计算了每个SNP位点基因型和OR值，其中在审稿意见中有一位审稿人提到：“四个SNP之间应该进行一下连锁不平衡分析，看一下基因间是否存在连锁不平衡的情况”。我查阅了相关资料，发现网上大部分都是在没做实验之前在选择SNP位点的时候利用软件和数据库来进行检测SNP位点的连锁不平衡情况，筛选标签SNP位点。审稿人提的问题是让我做一下这步还是让我根据我的实验数据来做连锁不平衡？那是要将病例组和对照组分别都做一下吗？同时我这4个SNP位点只有3个位于同一染色体上，其中两个相距2kb（位于同一基因上）,另一个SNP位点则相差一亿个碱基（前俩在短臂，后者在长臂上），如果要做的话也只能做前俩个吧。要做吗？该怎么回答他？我查看以往的相关文章中没有补充做这个几个位点间连锁不平衡的，只是根据统计分析了一下和疾病的相关性。自己不是学遗传的，还望指导啊，谢谢啦

2018-01-24 16:45

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