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[原创]初学者分享GEO在线分析工具的操作步骤

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楼主

丁香园准中级站友

+1 积分
1楼

这个帖子发布于3年零35天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

看见园子里很少有关于GEO在线分析工具的操作步骤，经过上次发帖版主加分奖励后，受到鼓舞，再次发帖分享学习心得，共同进步。

我们进入GEO, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/,下载你想研究的芯片。

以这个为例：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/?term=colorectal%20cancer

点进去。

用下面的这个在线工具。Sig level自己设定，越小基因越少喽。

然后step2.这里我随便选的，可以去芯片页面找样本信息，比较想研究的样本。

接着step3分析。

有550个差异基。自己挑基因研究喽。

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2018-01-23 20:08 浏览 : 39516 回复 : 156

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康小杨编辑于 2018-01-24 10:05

• 2021博士统考大部分地区基本不会延期！

楼主

丁香园准中级站友

+1 积分
2楼

接下来我们使用第二个小工具。做聚类分析

这里有3个选项，可以做非相关性、相关性聚类以及欧氏距离聚类分析。

点击display.

如果想看某一区段基因，点击stack up.就显示出来啦~

也可以下载矩阵，

2018-01-23 20:12

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• 2021年取消公立医院编制会不会有进一步动作？最新回复来了

楼主

丁香园准中级站友

+10 丁当

热

3楼

当然，也可以用GEO2R,分析出差异基因。

进去后自定义分组。

然后点击页面最下方top250.

就出来结果啦~

2018-01-23 20:15

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• 牙龈小泡与小包，根尖周炎要注意

楼主

丁香园准中级站友

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4楼

求投票。~

2018-01-23 20:26

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