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大多数NGS分析工具以源代码形式发布。以FASTX-Toolkit为例，演示编译安装源代码形式发布的工具的编译安装方法。FASTX-Toolkit从下面的地址下载。

http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html

最新的0.0.14版本需要下载源代码，老的0.0.13版本可以直接下载编译好的版本（就是下载完解压缩就能直接用）。我们下载新版。新版需要另一个库libGTextUtils的支持，我们同时下载配套的0.7版本。下载方法同前（右键复制地址，然后在PuTTY里用wget下载）。我习惯一般都下载到Linux主目录下Downloads目录里，你随意。

cd ~/Downloads/
wget https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2
wget https://github.com/agordon/libgtextutils/releases/download/0.7/libgtextutils-0.7.tar.gz

回到网页，想要运行FASTX-Toolkit的完整功能还需要其他软件包的支持。

需要 GNU G++ 4.1.2以上版本（我的系统是4.8.5，用g++ --version查看版本），两个Perl模块（module）PerlIO::gzip和GD::Graph::bars（需要安装），gnuplot 4.2以上版本（需要安装）。运行下面的命令安装gnuplot。

sudo yum install gnuplot

在上一节我们配置了cpan并安装了cpanm。可以用cpan和cpanm安装Perl的模块。

cpanm PerlIO::gzip
cpanm GD::Graph::bars

cpanm同样会自动查找并安装关联的模块。然而我们发现“‘GD’ is not installed”。这是由于系统缺少GD库。我们需要先安装GD库。

sudo yum install gd gd-devel

然后重新运行cpanm GD::Graph::bars，显示安装成功。（编译Linux软件包一定要火眼金睛，在满屏幕文字中找是不是有错误。）

在满足了FASTX-Toolkit运行需求之后，下面编译安装FASTX-Toolkit。

一般来说，以源代码形式发布的工具，都会有一个configure程序，运行这个程序会检查编译环境，是否缺少运行库及版本。如果一切满足，就会生成编译脚本。之后执行make编译，make install安装。所以下面我们会经常使用这一组命令组合。假定你想要安装工具的路径是/path/to/the/tool，源代码路径是/source/of/the/tool，下面是一个命令模板。

cd /source/of/the/tool
./configure –prefix=/path/to/the/tool
make && make install

如果一切运行成功，那么在你指定的/path/to/the/tool目录下就会有新的工具程序生成（这个目录下可能会生成bin, lib, include, share等几个子目录）。

比如安装libgtextutils，首先解压缩下载的文件。

tar zxvf libgtextutils-0.7.tar.gz

运行下面命令。

cd libgtextutils-0.7
./configure --prefix=$HOME/Tools/libgtextutils-0.7
make && make install

然后我们进入指定的安装目录查看。

其中有3个目录（因为安装的是个库，所以一般没有bin子目录）。

下面用类似方法安装fastx_toolkit。

cd ~/Downloads/
tar jxf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2

你会发现我用的解压缩命令略有不同。一般来说，下载的源代码文件常常是几种压缩格式，gz，bz2，xz。对应的解压参数分别是z，j，J。比如，解压缩gz就是tar zxvf；解压缩bz2用tar jxvf；解压缩xz用tar Jxvf。其中，x参数表示执行“解压缩”，v参数在屏幕上显示详细信息（解压出的一大堆文件名），f参数指定操作其后面的文件。

然后运行配置程序。

./configure --prefix=$HOME/Tools/fastx_toolkit-0.0.14

然而这一次，系统报了一个错。

这是因为，我们虽然安装了gtextutils，却没有告诉系统它在哪儿（Linux系统可傻了，你不告诉它，它就不知道）。根据提示，我们修改PKG_CONFIG_PATH 环境变量，告诉系统gtextutils的位置。然后重新运行配置程序。

export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/Tools/libgtextutils-0.7/lib/pkgconfig
./configure --prefix=$HOME/Tools/fastx_toolkit-0.0.14

这一次应该可以了。运行make && make install安装。

进入安装FASTX-Toolkit的目录（$HOME/Tools/fastx_toolkit-0.0.14），查看并测试。运行每一个程序并带参数-h（个别程序没有这个参数），如果没问题，会给出这个程序的用法。

./fasta_clipping_histogram.pl

还记得吗？Linux很傻。虽然你安装了程序，它就在你眼前，但是Linux不知道。你需要告诉Linux到哪里找它。方法有：（1）给出路径，比如~/Tools/fastx_toolkit-0.0.14/bin/fastx_trimmer；（2）如果程序在当前路径下，可以用./fastx_renamer（这其实也是给出路径，只不过是相对路径）；（3）把程序路径放在系统变量PATH里。当安装的程序越来越多，每次用路径名太麻烦了。我一般使用第三种方法。下面我们编辑~/.bashrc文件，把程序路径添加到系统变量PATH，这样每次打开终端，这个路径就会自动设置。在Linux终端，一般使用vi工具来编辑配置文件。vi工具很强大且容（Nan）易（Yi）使用。下面介绍更麻（Rong）烦（Yi）的方法。需要在Windows中安装2个软件WinSCP和Notepad++。在将来远程操作服务器的时候，你会发现这两个软件是多么实用。在这里下载，有安装包和便携包两种，看你喜欢。

https://winscp.net/eng/download.php

https://notepad-plus-plus.org/download/

运行WinSCP（就一个WinSCP.exe文件有用，我把它放桌面上了）。

弹出一个登陆对话框。在右侧填写“Host name”，“User name”和“Password”（就是你PyTTY登陆的主机一样的），点“Save”保存（起个名字吧）。

虽然说不推荐，但是我的虚拟机里面也没啥重要的东西不是，保存密码吧，少年！然后“Login”。

和PuTTY一样，WinSCP在第一次连接Linux的时候也需要存储密匙（因为两者都使用SSH协议）。

左侧是你的Windows目录，右侧是Linux目录。按快捷键CTRL+ALT+H显示隐藏文件（也可以在设置中找，你自己找吧）。

找到.bashrc文件，点鼠标右键，选“Edit”，然后“Configure…”。

点击“Add…”

选“External editor:”，然后点“Browse…”找到你安装的notepad++程序。按“OK”。

按“UP”和“Down”调整编辑器顺序，把Notepad++移动到第一个。按“OK”完成设置。这样，以后双击WinSCP中的文件，就会默认用Notepad++打开。双击.bashrc文件。

文件在Notepad++中打开，我们需要编辑的是最后一行“export PATH=…”，把这一行改成下面这样。

# User specific aliases and functions
#
#Systom tools
export PATH=/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin

#General tools
PYTHONPATH=$HOME/Tools/Python-2.7.14
export PATH=$PYTHONPATH/bin:$HOME/perl5/bin:$HOME/.local/bin:/home/bionux/bin:$PATH

#NGS tools
export PATH=$HOME/Tools/fastx_toolkit-0.0.14/bin:$PATH

不同路径之间用“:”分开。“#”开头的行是注释。上面段是系统全局定义，不要改动。“# User specific aliases and functions”这行字下面是我们自己改的。第一段，“export PATH=/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin”是系统程序的路径，千万不能缺，不然很多东西都会出错。第二段，我把基本工具（python，Perl等）路径加了进去（注意尾巴上的“:$PATH”非常十分特别重要，它引用了前面对PATH的定义，如果缺少了，前面等于没写）。第三段添加了NGS工具软件路径（暂时只有FASTX-Toolkit，后面会逐渐添加）。保存这个文件（这个保存操作会直接应用到远程Linux服务器上，不信你用less ~/.bashrc看看）。重新打开终端~/.bashrc会自动执行，或者用下面命令手动执行~/.bashrc文件。

. ~/.bashrc
echo $PATH

.命令是个神奇的命令，它跟source差不多（有些微的差别，不过我忘记了），用来运行shell脚本。echo命令查看PATH变量的值，仔细检查，看看有没有错。

有些工具以编译好的可执行文件形式发布，不需要编译，下载，解压缩，设置环境，运行就可以了。比如fastQC是个Java软件，在这里下载。

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html#fastqc

用下面命令解压缩。

unzip fastqc_v0.11.7.zip

进入解压缩的FastQC目录。FastQC是个Java程序，不需要编译。只要系统中有Java就可以了（用java -version查看你的Java版本）。

我的Java是OpenJDK 1.8.0_151版本（系统自带的）。

fastqc文件是运行脚本，解压缩出来的时候没有可执行权限（x）。用chmod命令增加可执行权限。运行该程序，查看使用帮助。

cd FastQC
chmod u+x fastqc
./fastqc --help

然后移动FastQC到~/Tools目录下，并添加路径到PATH里。

mv FastQC ~/Tools/

此处省略好几百个工具的安装说明。

总结几点：

（1）源代码形式发布的工具安装之前要阅读说明，确保需要的库都准备就绪（包括设置环境变量，不然系统找不到）。用三部曲模板安装（解压缩，配置，编译安装）。

（2）有些工具有编译好的包，直接下载、解压缩就行了。

（3）对于缺少的系统库，Python包，Perl模块，分别用yum，pip，cpanm或cpan安装。

（4）要仔细查看配置和编译过程中是否有错误，找出你的系统缺少那些库/包/模块。

（5）安装完成后，要记得设置PATH，不然系统找不到。

（6）有个别的软件需要Oracle JDK，而不是OpenJDK，有的需要老版本（1.7，1.6），这时你需要安装需要的Java版本，用绝对路径运行java程序。

 ======我是帅帅的分割线======

本帖将时不时更新，添加内容（就是在省略的好几百个工具里挑几个再写写）。

如果你在安装工具软件中遇到问题，欢迎在本帖提问。

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留着慢慢消化，感谢楼主！