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关于miRNA的5p和3p问题

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楼主

ljw风华正茂

入门站友

1楼

这个帖子发布于3年零44天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已关闭悬赏丁当:2

盼大神解疑

在miRBase上查某miRNA的成熟序列一般有两个，比如，has-miRNA-122-5p和has-miRNA-122-3p。在很多中外文献中，只会说明has-miR-122的表达上调，我想知道它们指的是5p还是3p呢？因为我想用qRT-PCR定量miRNA，在设计引物的时候不确定是针对5p还是3p

还有就是，如果文献只说miR-122,我应该怎么样去确定是5p还是3p?

这个问题，园子有人提问过，并没有很好的解答，望高人赐教！

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2017-12-14 17:40 浏览 : 9440 回复 : 7

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• 一图解读｜血常规化验单

铁杆站友

2楼

这个问题很好解决啊，到miRbase上查询，比如你输入hsa-miR-122-5p并检索，上面会显示历史命名，也就是文献中出现的hsa-miR-122a和hsa-miR-122都指的是hsa-miR-122-5p

2017-12-15 08:36

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学医难救中国人

丁香园准中级站友

3楼

这是miRNA命名的历史遗留问题

区分正反链的历史命名有很多种比如a/b 或者晚报道的直接在后面加星号*等等

-5p/-3p这种写法最没有歧义也是目前MiRBase使用的统一命名方式

看早期文献的时候可以直接把文献里的名字拿到MiRBase里查询这样就知道两条链新旧名称的对应关系了

2017-12-24 15:56

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• 论卫生高级职称下放单位自主评审的利弊

常驻站友

4楼

问题是，现在很多MiRNA下面已经没有previous ID了。所以真是不知道在讲哪一个啊

2018-06-11 16:48

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