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combat处理批次效应问题

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楼主

lzying1990

呼吸科

入门站友

1楼

这个帖子发布于3年零110天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

同是GPL570平台的几个不同数据集的芯片数据各自经过mas5标准化处理后，放在一起利用combat处理批次效应，处理完之后发现有些表达值变成负值，这是正常的吗？求各位大神指点！

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2017-10-04 17:33 浏览 : 6699 回复 : 4

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• 快问快答：为什么哮喘控制维持至少3个月才可考虑降级治疗

2017-8-17

丁香园准中级站友

+1 积分
2楼

1、mas5之前是否进行芯片质量评估？

2、如果已做质量评估，换成rma或gcrma处理试一试；

3、如果以上处理还是发现部分表达值为负值，更改参数试一试：

ComBat(dat, batch, mod = NULL, par.prior = TRUE, prior.plots = FALSE, mean.only = TRUE）；

4、还不行，写一篇关于sva包存在的缺陷性以及改进方法的文章；

5、对于这些负值的处理：可以忽略（当做缺失值），表达值很小或者为负值情况下是没有任何生物学意义的。

2017-10-06 16:54

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dxy_56l4bw5q 编辑于 2017-10-06 17:05

• 每天鼻塞流涕，一年四季“感冒”，这是为什么呢

tiandong_ansuan

分子生物学实验室

入门站友

3楼

楼主，您好你是分别把同一个平台的好几个数据的表达矩阵提取出来，用基因名或者用探针名合并为一个数据集进行的批次效应处理吗？我通过这样，用ComBat去除批次效应，发现老报错，找不到原因。

2019-01-15 11:19

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• 综合医院全科门诊中乏力患者特征及就诊原因分析

tiandong_ansuan

分子生物学实验室

入门站友

4楼

有人知道Combat最后可以调整几个批次吗？老报错啊

2019-03-01 15:31

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• #医生的昵称有多好笑#这是你们热爱工作的表现吗？哈哈哈哈

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