第一：溯本清源，芯片的探针如何设计，根据已知序列，序列如何得知，通过测序，所以说芯片能检测到的东西实际上都是测序早已经测出来的东西；

第二：如果不追求把样品中低表达的RNA分子也检测出来，实际上现在测序的成本已经接近、甚至个别已经低于芯片，当然，这就需要研究者在研究开始前，考虑清楚是追求数量还是追求质量，就我个人来说，less is more，与其得到一堆可能包含较多假阳性、在细胞内功能通常不明显、但会让人陷入后续选择困难的数据，还不如聚焦在相对准确、后续研究成功率更高的高表达RNA分子来进行研究；

第三：本只是来指出你之前“测序无法区分circRNA与mRNA”的表述有误，容易误导，并无意冒犯，也祝咱们伯豪的芯片大卖

基因芯片和二代测序都可以进行筛选。对于，人，大鼠，小鼠，现在芯片技术比较成熟，能很好的找到可靠的差异lncRNA，可以优先考虑。如果是想发现别人没有发现的，或者是没有芯片产品的物种，二代测序就比较有优势了，还有一点，做测序的话，研究lncRNA的测序深入一定要深，因为lncRNA的丰度相对是比较低的。所以，两种技术各有优点，可以灵活选择。