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核酸技术

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论坛首页  >  核酸基因技术讨论版   >  LncRNA
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如何进行 lncRNA 与 circRNA 研究：专家给你来支招 [精华]

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楼主 minjiang12345
minjiang12345
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这个帖子发布于2年零28天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

lncRNA 与 circRNA 已成为研究的大热门，也是近年来国自然申请标书中的香饽饽。这两个非编码 RNA 家族的重要成员，以多种方式对生命活动进行调控，包括转录调控、转录后调控、翻译调控、调节蛋白细胞定位等等，对其功能和作用机制进行系统地研究，有助于我们更加全面、深入地了解基因表达调控机理及生物体的生命活动。


但是，lncRNA 与 circRNA 的研究方法不同于功能基因。怎样获得 lncRNA 全长？怎样预测编码它的编码能力？筛选了 circRNA 后续研究怎么进行？伯豪生物希望就相关疑难问题与各位战友共同探讨，并欢迎各位战友提问，我们将尽力解答。


同时感谢丁香园交流平台和版主的支持，谢谢！
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2017-02-24 12:30 浏览 : 17237 回复 : 115
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ribobio_gz001
ribobio_gz001
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minjiangshbio

第一，愿意砸钱，不符合大部分科研工作者的行为；

第二，测序数据量也会饱和，不是越深越好；

第三，到底细胞中有多少circRNA，目前没有定论，作为科研，我们要客观对待；

第四，对于科研工作者，平台不重要，关键是找到自己感兴趣的circRNA，条条马路通罗马，直选对的，不选贵的；

第五，开个玩笑，你肯定是测序公司的吧，

第一：溯本清源，芯片的探针如何设计，根据已知序列，序列如何得知，通过测序，所以说芯片能检测到的东西实际上都是测序早已经测出来的东西；

第二：如果不追求把样品中低表达的RNA分子也检测出来，实际上现在测序的成本已经接近、甚至个别已经低于芯片，当然，这就需要研究者在研究开始前，考虑清楚是追求数量还是追求质量，就我个人来说，less is more，与其得到一堆可能包含较多假阳性、在细胞内功能通常不明显、但会让人陷入后续选择困难的数据，还不如聚焦在相对准确、后续研究成功率更高的高表达RNA分子来进行研究；

第三：本只是来指出你之前“测序无法区分circRNA与mRNA”的表述有误，容易误导，并无意冒犯，也祝咱们伯豪的芯片大卖
2017-11-21 11:49
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楼主 minjiang12345
minjiang12345
常驻站友

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诺我生物

      所以说表述有误，并不是测序区分不了环状RNA与mRNA，而是针对低表达或者中低表达的环状RNA，是否有足够的数据量来进行分析。这个要解决也不难，提高测序深度或者采用去线性RNA建库，不过实际上在日常科研中，低表达或者中低表达的环状RNA一般很少人去关注，一是准确度不如高表达的，较容易存在假阳性，二是如果表达量过低，通常在该细胞中都不会发挥什么重要的功能，做的意义不大。另外，前一段时间看到复旦那边发了一个文章（http://www.exosomemed.com/3663.html），他们通过RNA-seq的方法从人血液外泌体中都已经能够识别到5万多个环状RNA，每个样品识别几千到上万个不等，这个数量应该不少，实际上如果愿意砸钱测多些数据量，估计是没有最多，只有更多。

第一，愿意砸钱，不符合大部分科研工作者的行为；

第二，测序数据量也会饱和，不是越深越好；

第三，到底细胞中有多少circRNA，目前没有定论，作为科研，我们要客观对待；

第四，对于科研工作者，平台不重要，关键是找到自己感兴趣的circRNA，条条马路通罗马，直选对的，不选贵的；

第五，开个玩笑，你肯定是测序公司的吧，
2017-11-21 11:05
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楼主 minjiang12345
minjiang12345
常驻站友

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cchh100

你好，谢谢你的回复。

  一直在纠结是用测序好，还是用芯片好？

不知道各自的优劣势是什么呢？我的了解是芯片只针对已知的，准确度比较高，测序可能有未知的，但是有可能风度低的测到看不出差异。我了解了一些公司提供的芯片，可以测10万+个基因，总RNA 200ng 就行，所以如果不是想要找到未知的人，可以用芯片？而且芯片确实好像价格更亲民。

是的，你的这个想法是对的。所以，芯片和测序，作为高通量平台，都有自己的优缺点，合理利用就可以了。当然，测序公司会拼命推测序，芯片公司也一样。对于你自身来说，选择你最合适的就行，都有利有弊。
2017-11-17 09:23
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