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核酸技术

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论坛首页  >  核酸基因技术讨论版   >  LncRNA
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如何进行 lncRNA 与 circRNA 研究：专家给你来支招 [精华]

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楼主 minjiang12345
minjiang12345
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这个帖子发布于3年零94天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

lncRNA 与 circRNA 已成为研究的大热门，也是近年来国自然申请标书中的香饽饽。这两个非编码 RNA 家族的重要成员，以多种方式对生命活动进行调控，包括转录调控、转录后调控、翻译调控、调节蛋白细胞定位等等，对其功能和作用机制进行系统地研究，有助于我们更加全面、深入地了解基因表达调控机理及生物体的生命活动。


但是，lncRNA 与 circRNA 的研究方法不同于功能基因。怎样获得 lncRNA 全长？怎样预测编码它的编码能力？筛选了 circRNA 后续研究怎么进行？伯豪生物希望就相关疑难问题与各位战友共同探讨，并欢迎各位战友提问，我们将尽力解答。


同时感谢丁香园交流平台和版主的支持，谢谢！
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2017-02-24 12:30 浏览 : 25241 回复 : 121
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楼主 minjiang12345
minjiang12345
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dxy_mxg33cx3 

版主，你好，我最近刚做了lncRNA芯片，现在需要做定量验证，请问lncRNA引物设计方面有什么需要注意的么？

lncRNA验证引物设计策略和mRNA没有本质上的区别，主要的差异有两点，一是lncRNA的序列获得相比mRNA，得去特异性地寻找；二是lncRNA引物设计时，一定要注意验证的区段没有和mRNA重合。
2017-02-27 09:28
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楼主 minjiang12345
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  • 11楼
xiaona858

楼主有没有什么circRNA的数据库介绍啊？


circRNA的数据库还是很多的，以下几个可供参考：

1.circBase收集包括以下6个物种的circRNA信息：人 (hg19)、小鼠(mm9) 、秀丽线虫(ce6)、黑腹果蝇 (dm3)、矛尾鱼 (latCha1)、腔棘鱼 (latCha1)。该数据库是目前相对收录信息比较全和完整的，数据也能下载，非常实用。


2. Circ2Traits是一个收集与人类疾病或性状潜在关联的circRNA数据库。

3. circNet，利用464个RNA-seq测序数据，物种为人。


4.deepBase v2.0,收集了大约15万多的circRNA基因（人、鼠、果蝇、线虫等）。


5. CircInteractome该数据库收录了人的可以结合的109个RBP的相关circRNA信息。
2017-03-01 13:27
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楼主 minjiang12345
minjiang12345
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emycarl

我最近准备开始研究lncRNA，版主知道lncRNAs高通量筛选有哪些手段呢，都有啥优势呢？



基因芯片和二代测序都可以进行筛选。对于，人，大鼠，小鼠，现在芯片技术比较成熟，能很好的找到可靠的差异lncRNA，可以优先考虑。如果是想发现别人没有发现的，或者是没有芯片产品的物种，二代测序就比较有优势了，还有一点，做测序的话，研究lncRNA的测序深入一定要深，因为lncRNA的丰度相对是比较低的。所以，两种技术各有优点，可以灵活选择。
2017-03-02 10:21
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