质谱-蛋白质组学应用

蛋白质组学本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征，包括蛋白质的表达水平（Increased or decreased levels in different groups），翻译后的修饰（Post-translational modifications，PTM，磷酸化，泛素化等），蛋白与蛋白相互作用（Protein-protein interaction）等，由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生，细胞代谢等过程的整体而全面的认识。随着近年来超高分辨质量分析器，Orbitrap（静电场轨道阱）的面世，使质谱在更为宽松的环境条件下保持高度的稳定性而将蛋白组学的发展持续推进。Orbitrap腔体体积小能保持真空度高，上游的C trap组件又能够很好的帮助肽段离子继续到更高的浓度，从而使MS仪器的分辨率提高产出的二级碎片质谱信息（MS/MS）更加的丰富和清晰。根据官方的数据统计，CNS系列刊物中涉及到Orbitrap MS技术的论文数量已经达到2-3篇/天的惊人数量，也体现了科学界对质谱MS用于生物医学研究稳定性和可靠性的认可。

相关链接：

Orbitrap的过去、现在和未来： http://wiki.antpedia.com/rbitrapdeguoquxianzaiheweilai-346181-news

Orbitrap LC-MS   http://www.thermofisher.com/cn/zh/home/industrial/mass-spectrometry/liquid-chromatography-mass-spectrometry-lc-ms/lc-ms-systems/orbitrap-lc-ms.html

六楼留了信息，gaobieDXY

我有问题想向您请教下，

1、质谱检测后的数据protein score、peptide score和eMPAI是怎么计算得来的？

2、各自又有什么含义呢？也就是说我判断鉴定到这个蛋白是否可信是以什么标准呢？如果说按照上面三个，打分越高可信度越高，但是三个之前不是同一趋向性时应该怎么判断？

3、以您的经验来看质谱鉴定的假阳性概率是多少？怎么去辨别分析假阳性结果

4、2D-gel相比现在的技术的优势在哪里？

5、MRM和PRM本质的区别在哪里？

问题有点多，这是我一直有疑问的问题，中间自己查了，但是还是觉得一知半解，希望大神帮忙解惑。谢谢！