续（一）：“1000 Genomes Browser 和Haploview”

8月份的时候发了一个帖子，求助有关Haploview软件使用，感谢@重返丁香园 、@sofia1 战友的热心指点。

但因为SNP不是我自己的课题，当时只是突然有想法关注一下这个方向，结果后续种种原因，这个关注被搁置了。

这两天正好有点空，又有战友短消息问我如何操作，那么就具体分享一下我是如何将1000 Genomes Browser下载下来的数据是如何导入Haploview软件的过程吧。

方法主要参照了@重返丁香园 战友的方案

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第一步：从1000 Genomes Browser下载所需数据

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

（1）

（2）

（3）

（5）

得到vcf数据

第二步：将数据导入Haploview软件

关键在于以下网址http://www.internationalgenome.org/vcf-ped-converter

（1）

（2）

（3）通过Add your Data，就可以将下载得到的Vcf格式数据导入到在线转换中

（4）导入成功

（5）转换，选择Online Tools里的VCF to PED converter

【注意】这一步骤里面Region说所需的碱基序列数据，可以在Manage Data-View sample location寻找

填入Region数据后，点击Next

最后得到Marker Information File   Linkage Pedigree File两个数据包，注意都是要“右键”——“目标另存为”

第三步：将上述两个ped/info文件导入到Haploview软件中

OK，完工