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PCR技术

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续(一):“1000 Genomes Browser 和Haploview”

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楼主 钮鹤塘
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这个帖子发布于4年零89天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

8月份的时候发了一个帖子,求助有关Haploview软件使用,感谢@重返丁香园 、@sofia1 战友的热心指点。

但因为SNP不是我自己的课题,当时只是突然有想法关注一下这个方向,结果后续种种原因,这个关注被搁置了。

这两天正好有点空,又有战友短消息问我如何操作,那么就具体分享一下我是如何将1000 Genomes Browser下载下来的数据是如何导入Haploview软件的过程吧。

方法主要参照了@重返丁香园 战友的方案

……………………………………………………………………………………………………………………………………………………

第一步:从1000 Genomes Browser下载所需数据

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

(1)

(2)

(3)

(5)

得到vcf数据

第二步:将数据导入Haploview软件

关键在于以下网址http://www.internationalgenome.org/vcf-ped-converter

(1)

(2)

(3)通过Add your Data,就可以将下载得到的Vcf格式数据导入到在线转换中

(4)导入成功

(5)转换,选择Online Tools里的VCF to PED converter

【注意】这一步骤里面Region说所需的碱基序列数据,可以在Manage Data-View sample location寻找


填入Region数据后,点击Next

最后得到Marker Information File   Linkage Pedigree File两个数据包,注意都是要“右键”——“目标另存为”

第三步:将上述两个ped/info文件导入到Haploview软件中

OK,完工


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2016-10-28 13:55 浏览 : 20727 回复 : 93
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楼主 钮鹤塘
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还是自己的那句话,我也刚刚接触到SNP,仍然是关于基因数据分析等等研究的门外汉。

例如,目前只是将数据导入了Haploview软件,那么如何使用该软件,如何去阅读软件提供的信息,自己也是一头雾水。

希望目前在关注SNP方向的战友能一起讨论。

虽然SNP的热点早已过去,但对于临床专业的研究生来说,如果手头有大量标本,仍然不失为一个比较好下手的研究课题,好发文章啊。

因此欢迎大家相互交流。

2016-10-28 14:03
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楼主 钮鹤塘
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更正:

之前指导我进行导入数据的战友是@重回丁香园 ,笔误写做了“重返丁香园”

在此表示歉意!

感谢指导。

2016-10-28 14:07
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mayimyap
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2016-10-28 14:44
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