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请教Agilent芯片数据处理问题。

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楼主

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1楼

这个帖子发布于4年零118天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我从GEO上下载了Agilent-014850 Whole Human Genome Microarray 4x44K G4112F这个芯片的数据集想做差异基因分析，数据读取和预处理用limma包来做。请教下双色和单色数据处理是不是不一样？如果是的话得先确定agilent芯片的数据来源是单色or双色，那么如何确定呢？本人小白，刚接触芯片，请各位老师指点。谢谢啦

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2016-09-29 19:28 浏览 : 5997 回复 : 2

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飞小天

丁香园版主

+1 积分
2楼

还是那句话，GEO的数据，没必要从cel文件开始，可以从matrix文件开始。怎么感觉bioconducter这本书害了不少人，宁从山底徒步走，不坐缆车半山行呢？

2016-09-30 10:37

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• 科普与晋职称挂钩，扣满18分离岗，这些新规你怎么看？

飞小天

丁香园版主

+5 丁当
3楼

风吹麦浪oo
我从GEO上下载了Agilent-014850 Whole Human Genome Microarray 4x44K G4112F这个芯片的数据集想做差异基因分析，数据读取和预处理用limma包来做。请教下双色和单色数据处理是不是不一样？如果是的话得先确定agilent芯片的数据来源是单色or双色，那么如何确定呢？本人小白，刚接触芯片，请各位老师指点。谢谢啦

最近在做agilent芯片。其实在limma读取时，就读入了注释数据。

至于是单色还是双色（单通道or双通道），也是可以通过查看原始文件的heaher来确定的。

2017-06-28 09:39

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