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如果你的上清液体积很小，例如只有100-200ml那么可以用amicon ultra－15，这种浓缩管一次上样15ml，多做几次就可以了，如果体积很大，例如1L-2L,建议你用viva flow，这种浓缩装置很不错的，而且效果也很不错，可以选择不同截留分子量的膜。最近一直在用觉得很不错向你推荐。

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（一）透析袋浓缩法
利用透析袋浓缩蛋白质溶液是应用最广的一种。将要浓缩的蛋白溶液放入透析袋（无透析袋可用玻璃纸代替），结扎，把高分子（6 000－12 000）聚合物如聚乙二醇（碳蜡）、聚乙烯吡咯、烷酮等或蔗糖撒在透析袋外即可。也可将吸水剂配成30％－40％浓度的溶液，将装有蛋白液的透析袋放入即可。吸水剂用过后，可放入温箱中烘干或自然干燥后，仍可再用。
（二）冷冻干燥浓缩法
这是浓缩蛋白质的一种较好的办法，它既使蛋白质不易变性，又保持蛋白质中固有的成分。它是在冰冻状态下直接升华去除水分。具体做法是将蛋白液在低温下冰冻，然后移置干燥器内（干燥器内装有干燥剂，如NaOH、CaCl2和硅胶等）。密闭，迅速抽空，并维持在抽空状态。数小时后即可获得含有蛋白的干燥粉末。干燥后的蛋白质保存方便，应用时可配成任意浓度使用。也可采用冻干机进行冷冻干燥。
（三）吹干浓缩法
将蛋白溶液装入透析袋内，放在电风扇下吹。此法简单，但速度慢，且温度不能过高，最好不要超过15℃。
（四）超滤膜浓缩法
此法是利用微孔纤维素膜通过高压将水分滤出，而蛋白质存留于膜上达到浓缩目的。有两种方法进行浓缩：一种是用醋酸纤维素膜装入高压过滤器内，在不断搅拌之下过滤；另一种是将蛋白液装入透析袋内置于真空干燥器的通风口上，负压抽气，而使袋内液体渗出。
（五）凝胶浓缩法
选用孔径较小的凝胶，如SephadexG25或G50，将凝胶直接加入蛋白溶液中。根据干胶的吸水量和蛋白液需浓缩的倍数而称取所需的干胶量。放入冰箱内，凝胶粒子吸水后，通过离心除去。
（六）浓缩胶浓缩法
浓缩胶是一种高分子网状结构的有机聚合物，具有很强的吸水性能。每克干胶可吸水120ml～150ml。它能吸收低分子量的物质，如水、葡萄糖、蔗糖、无机盐等，适宜浓缩10 000分子量以上的生物大分子物质。浓缩后，蛋白质的回收率可达80％～90％。比浓缩胶应用方便，直接加入被浓缩的溶液中即可。必须注意，浓缩溶液的pH值应大于被浓缩物质的等电点，否则在浓缩胶表面产生阳离子交换，影响浓缩物质的回收率。

这些都是常用的蛋白浓缩方法，你可以系统参考学习下，但要适用到你的实验要求里，不仅要浓缩蛋白还要除去小分子蛋白，但我不知道你所说的小分子蛋白是多大分子量的？小于20KD的可以选择0.45um的透析袋除去，挺便宜也很好用，但稍微大点的话，恐怕就不行了，这时恐怕用商品化的超滤管才是有效的方法，虽然贵点，但效果比较好，但它还要求离心机的转速能够达到150000RPM以上为好，祝顺利