ImageJ（官网：https://imagej.nih.gov/ij/）是一个基于java的公共的图像处理软件，它是由National Institutes of Health（NIH）开发的一款功能强大的免费软件，在生物及医学图像分析中起着非常重要的作用。

 ImageJ能够显示，编辑，分析，处理，保存，打印8位，16位，32位的图片， 支持TIFF（默认的文件格式，无损压缩格式）, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS等多种格式。

Imagej 的高级功能均依靠插件来实现，Imagej插件下载地址https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html。大家可以根据自己的需要进行相关下载。网上有关Imagej的教程和操作方法有很多，有兴趣的朋友可以自行学习。

对于Imagej的使用方法，网上各种论坛有许多有用的经验。也有各种教程可以供大家学习。孙水发和董方敏的这本书能够帮助我们对imagej和图像分析有一个基本的了解。

1、对不同颜色的面积进行分析

下图是我从网上找的一张图片，图中有几种不同的颜色。
目的是对不同的颜色的面积分别进行统计

最后分离的效果如下：

具体的做法是打开图片后先进行一个ROI感兴趣的选择，接下来用IHC插件就可以实现分离了。

在已经完成感兴趣区域分离的基础上，再进行相对应的分析就很简单了。

2、细胞计数

进行阈值选定，红色为选定区域：

有一个问题是在细胞计数时许多细胞会连接在一起，从而对细胞计数产生很大的误差。

解决的方法就是二值化处理后进行watershed进行细胞的分割如上图。右上是没有进行分割被认为是一个细胞，左上和下面的图是分割以后的效果。

watershed这样的操作对叶子表面的微尘粒径以及多孔材料的计算是同样适用的，有许多相关的文献可以查询的。

下图就是一个多孔材料，有兴趣的可以试试。

还可以对气泡的粒径进行分析：

分析下图蓝色和红色的细胞分别有多少：

分离蓝色的菌落如下，再进行后续的细胞计数和分析。

3、划痕实验计算面积

4、分析免疫组化AOD（平均光密度值）

首先使用IHC插件提取DAB显色棕色：

再进行后续分析。AOD=IOD/Area

5、标尺校准

File->open 图像->Straight (按住shift划一根对应已知标尺长度的线)->Analyze->Set Scale->Click to remove scale->Known distance(50.0 um)->Unit of length (um)->Global->ok

以后计算的长度或者面积就是相对应的单位微米，而不是像素或者平方像素。

Analyze->Scale Bar

就可以在其他没有标尺的图片中加标尺，可以对标尺的位置、和颜色以及其他参数进行相应选择。