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SSR毛细管电泳结果怎么读条带，用什么软件？

楼主

入门站友

1楼

这个帖子发布于4年零221天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

各位大神帮帮忙啊！最近在做SSR，二倍型的，应该读哪个条带呢？我现在用的是Genemarker，但是这个软件好像不能分析SSR，那应该用什么软件呢？这是我的几个结果，麻烦大神帮我看看哪个是主峰，743、219和712引物我试着读了几个主峰，不知道对不对。

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2016-07-28 18:09 浏览 : 8001 回复 : 5

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• 一年又半-深圳入职后

楼主

王磊314

入门站友

2楼

没人看吗？自己顶一下，各位大神帮帮忙啊，SSR 和STR的分析方法相同吗？

2016-07-29 08:42 来自 Android客户端

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• 不单纯的阑尾

天猫

铁杆站友

+1 积分
3楼

1、SSR就是STR，同物异名，因此，处理STR的软件理论上也能处理SSR

2、743和050的主峰明显，判读应该是正确的，但其余的位点特异性较差，且有较严重的stutter峰干扰，较难判读。建议先做一下扩增的优化，看能不能改善。推荐的优化方案包括touchdown、梯度、适当提高引物复性的严谨度等。如果仍然不能改善的话，估计只能重新设计引物了。

3、主峰判读是否正确，除了峰型本身比较清爽外，还要结合理论预测进行判读。正常情况下，主峰不应该偏离理论预测的位置太远。由于不同仪器、不同染料标记，主峰偏离理论预测的位置±2~5bp应该是可以接受的。

4、请参见我以前的答疑帖：【求助】STR 毛细管电泳特异峰分析 [精华] http://www.dxy.cn/bbs/topic/25832838，希望对你的工作有所帮助。

2016-07-31 10:28

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• （原创）低血糖、低血钠、多尿，高尿糖、酮体阳性？

microread007

入门站友

4楼

严重的stutter峰，不好判读。建议你优化一下扩增条件，实在不行只能选择其他的多态位点

可以参考：http://www.gene99.com/serviceShow.aspx?cid=12&id=154

2016-08-09 17:06

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