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请教各位：NGS中“ the adapter reads”是什么意思呢？

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楼主

常驻站友

1楼

这个帖子发布于4年零250天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

”Remove the adapter reads. Adapter read is defined as a read who includes the adapter bases, and those adapter reads will be remove from the raw FASTQ data“

菜鸟一枚，一头雾水啊，求教“Adapter read”是什么意思呢？为什么要remove？

多谢多谢！

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2016-05-17 14:10 浏览 : 6271 回复 : 2

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zjubell

丁香园准中级站友

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2楼

Adapter read就是文库两头的接头序列。这个序列是没有用处的。构建文库时，在基因组DNA或其他DNA打碎后，会在DNA两头加一个通用的接头（Adapter read），然后测序引物跟接头处结合开始测序。偶尔这接头还会开成二聚体，也会被测出来。所以分析时必须除去。因为接头序列是人工序列，跟任何物种都mapping不上。

2016-05-19 22:17

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楼主

sunny0596

常驻站友

3楼

zjubell
Adapter read就是文库两头的接头序列。这个序列是没有用处的。构建文库时，在基因组DNA或其他DNA打碎后，会在DNA两头加一个通用的接头（Adapter read），然后测序引物跟接头处结合开始测序。偶尔这接头还会开成二聚体，也会被测出来。所以分析时必须除去。因为接头序列是人工序列，跟任何物种都mapping不上。

太棒了，明白啦，谢谢大牛

2016-05-20 08:10

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