无参考基因组如何对新的物种做研究?
我要研究的一种鱼类没有参考基因组,只通过RNA-seq获得了mRNA的序列。
如果我想研究某些基因在特殊处理后的可变剪接,insert,deletion,等一些变化,如果拿已有的转录组序列作为参考序列是否可以实现上述目的?
在或者我将感兴趣的基因全长(包括启动子,外显子,内含子)扩增出来作为参考序列是否可行?但是我查了一下有一个基因在斑马鱼中的长度有100k,请教各位应如何得到此基因的全长序列?我要研究的一种鱼类没有参考基因组,只通过RNA-seq获得了mRNA的序列。
如果我想研究某些基因在特殊处理后的可变剪接,insert,deletion,等一些变化,如果拿已有的转录组序列作为参考序列是否可以实现上述目的?
在或者我将感兴趣的基因全长(包括启动子,外显子,内含子)扩增出来作为参考序列是否可行?但是我查了一下有一个基因在斑马鱼中的长度有100k,请教各位应如何得到此基因的全长序列?