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无参考基因组如何对新的物种做研究?

最后编辑于 2022-10-09 · 来自 iOS · IP 未知未知
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这个帖子发布于 9 年零 101 天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我要研究的一种鱼类没有参考基因组,只通过RNA-seq获得了mRNA的序列。

如果我想研究某些基因在特殊处理后的可变剪接,insert,deletion,等一些变化,如果拿已有的转录组序列作为参考序列是否可以实现上述目的?

在或者我将感兴趣的基因全长(包括启动子,外显子,内含子)扩增出来作为参考序列是否可行?但是我查了一下有一个基因在斑马鱼中的长度有100k,请教各位应如何得到此基因的全长序列?
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