【求助】请问正式编制和人事代理制度是否有矛盾？

我跟浙江一个地级市的医院签了协议。当时面试完的时候，人事科科长告诉我如果签的话我会属于他们医院的正式编制，现在才发现是人事代理，档案放当地人才交流中心。
现在问他们，答复仍然是正式编制，也是人事代理。
我不太明白，因为一直的概念就是这两者是完全不同的，看了很多有关人事代理制度的介绍，越看越糊涂！似乎目前全国很多医院开始实行的人事代理制度在不同医院都有不同表述，可是实行人事代理制度的也可以是正式编制吗？
我不知道正式编制与人事代理这两者之间是否有矛盾。其实我所关心的还是报酬和福利，或者是否同工不同酬的问题。还有一点就是自己以后的发展问题。
也许我的想法比较老土。我本来是想找一个不太大的地方过一辈子的，所以对医院的归属感比较重要。我要去的科室不太大，如果我要在那里呆很长时间，加上医院支持，我有信心把它扩展做大做好。但是，如果这个医院的人事代理制度对后来者带有较明显的歧视的话，那我在那里的时候就只能更多地为自己的前途考虑了。
感觉医院的人事科都比较厉害，什么话都套不出来。这个医院我甚至连自己要签几年都不知道，协议上也没有写。我也很懒，因为以前是想找一个医院就不出来的，所以问不出来签几年也无所谓。到现在这个时候，也找不到什么更好的医院了，只有进去签合同的时候才知道了，真的很晕！