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【资源】#数据库#lncRNASNP: 一个研究其中SNP以及它们在人类和小鼠中的潜在功能数据库

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楼主

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1楼

这个帖子发布于5年零17天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

长非编码RNA（lncRNA）可以在各种细胞背景下，各种疾病中，以各种机制发挥关键作用。随着人们发现的lncRNA和单核苷酸多态（SNP）数量快速增长，研究lncRNA中的SNP势在必行。为了提供一个有用的资源，我们系统地识别了lncRNA中的SNP并分析了它们对lncRNA结构和功能的潜在影响。最终，我们得到了人类和小鼠中超过30000个lncRNA的SNP，分别有495729和777095个。大量SNP被预测有影响miRNA-lncRNA互作的可能。我们还整合了实验证实的靶向关系，保守的靶向关系和TCGA中miRNA的表达来最优化miRNA-lncRNA在结合位点的互作情况。此外，通过将SNP映射到GWAS结果上，我们发现有142个人类lncRNA SNP是GWAS的tagSNP，还有197827个lncRNA SNP在GWAS连锁不平衡区域。所有的这些数据都放在lncRNASNP数据库中，并分为两部分（小鼠和人类）。lncRNASNP提供用户友好的界面来查询SNP，lncRNA和miRNA。

Web Interface
所有数据被整合到MySQL表中。lncRNA转录本ID，miRNA ID和SNP ID作为连接各表的主键。通过Ruby on Rails框架建立lncRNASNP网站。我们设计了几个用户友好的输入框来使得数据获取更为便利。右上角的快速搜索框可以输入lncRNA转录本ID，miRNA ID，SNP ID甚至是选定的基因组位置。

主页也提供了高级搜索，可以通过不同的关键字和一列ID来查询。
由于lncRNASNP数据库包含了人类和小鼠的数据，我们将其分为两部分，lncRNASNP-human和lncRNASNP-mouse。这两个分数据库都有三个主要标签，SNP，lncRNA和miRNA。

SNP标签下储存了所有lncRNA中的SNP和它们的详细信息。这一部分的数据包含①SNP的基本信息②SNP对于二级结构的影响和③SNP对miRNA-lncRNA互作的影响。对于lncRNASNP-human，这部分也包含了GWAS LD区域的SNP和相关的GWAS信息。
由于SNP列表实在太过庞大，我们建立了四个选项来优化SNP选择。第一个选项是‘position’，允许用户在自定义的染色体区域内查询SNP。第二个选项是‘GMAF’，可以帮助用户以最小等位频率筛选结果。这一项对于关联分析中使用的样本大小有重要的意义。用户也可以把查询的SNP限制在GWAS区域之内，或是只选择影响miRNA-lncRNA互作的SNP。结合上述选项，用户可以迅速找到感兴趣的多态位点。

lncRNA标签下提供了lncRNA的信息。用户通过点击特定的lncRNA即可查看其基本信息，与其相关的SNP，miRNA结合位点和SNP带来的结合位点增加/缺失。

在‘Basic information’部分，我们提供了lncRNA基因的保守信息，数据来源于Necsulea et al.的研究和lncRNAtor数据库。
在‘miRNAs binding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）

在‘miRNAsbinding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）

miRNA标签使得用户可以通过表达来选择miRNA，得到靶向的lncRNA及由SNP带来的结合位点增加/缺失。在这一部分，miRNA根据表达不同被分为四类，高表达(RPM≥1000)，表达适中(10≤RPM< 1000)，低表达(1≤RPM<10)和不表达(RPM<1)。对于每个人类miRNA，我们也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28种类型癌症中的表达水平。

转载需获得许可，欢迎站内消息和楼主交流，共同探讨生物信息学知识，一起进步！

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2016-01-06 15:53 浏览 : 5134 回复 : 6

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yunshengxin 编辑于 2016-01-06 15:55

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2楼

请问这可以查连锁不平衡的信息么？想要对一个位点进行搜索时出现这种结果是什么意思呢？

2016-08-08 15:47

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入门站友

4楼

@yunshengxin 楼主，咨询下LncRNASNP的网站怎么从7.11开始就不能用了

2017-07-12 10:20

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入门站友

5楼

帖子已被删除

说明这个SNP位点在这个数据库没有收录

2017-07-21 10:43

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