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【原创】Arlequin计算单倍型频率的图解—Step by step [精华]

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1楼

这个帖子发布于14年零228天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

【前言：虽然只是介绍计算单倍型频率的方法，但除了选择运行程序不同以外，用Arlequin进行其它运算的过程（如计算H-W平衡定律的参数）基本上都是一样的。由于兄弟道行尚浅，如文中有不妥之处，还请各位给予谅解并不吝赐教。希望我的努力可以给朋友们带来方便！！如果想和我讨论这个软件，请在MSN上聊吧！我的sandy12348@hotmail.com —喜欢与人交流的sandyhelen】
上次向各位介绍了用Phase计算单倍型频率方法。这里要说的是：每个软件都有自己的缺点和优点，Phase也不例外。我曾经用它计算过3个位点的HLA的单倍型频率，结果失败了。每次提示都是:” Error: number of alleles too large ( K = 7301, KMAX = 50) at locus 0;Try increasing KMAX in constants.h and recompiling.”后来分析了一下，可能是由于每个位点的等位基因数目太多了，所以造成信息量过大，超出了Phase的运算范围。如果那位高手能解决这个问题，请随时在MSN上给予指点。
后来，我使用了Arlequin计算出了这批数据的单倍型频率，从这方面来说，Arlequin是优于Phase的（当然，Arlequin还可以进行其它非常多种类的运算！）。现在，我就用图示来介绍使用Arlequin计算单倍型频率的方法：
1.获得软件
软件是免费的，下载网址http://lgb.unige.ch/arlequin/software/，分三个版本：for Windows、for Mac OS (PPC)、for Linux (x86)，我想大部分人都使用for Windows版本。这个版本包括三个部分，分别是arlequin program (bin)、Java runtime (jre)和Arlequin 2001 update (patch)，最好同时下载Arlequin Documentation中的5个文件和Arlequin User Manual（使用手册）。注意：在下载之前要Registration的！
2.安装软件
3个压缩文件必须全部解压！！（很多情况下就是因为忘了解压Java runtime (jre)，从而导致arlequin.exe不能运行，因为arlequin必须在Java环境下运行）。解压jre117-win32.exe时，会出现下图：