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遗传发育

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【原创】Arlequin计算单倍型频率的图解—Step by step [精华]

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楼主 sandyhelen
sandyhelen
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这个帖子发布于15年零274天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
【前言:虽然只是介绍计算单倍型频率的方法,但除了选择运行程序不同以外,用Arlequin进行其它运算的过程(如计算H-W平衡定律的参数)基本上都是一样的。由于兄弟道行尚浅,如文中有不妥之处,还请各位给予谅解并不吝赐教。希望我的努力可以给朋友们带来方便!!如果想和我讨论这个软件,请在MSN上聊吧!我的sandy12348@hotmail.com —喜欢与人交流的sandyhelen】
上次向各位介绍了用Phase计算单倍型频率方法。这里要说的是:每个软件都有自己的缺点和优点,Phase也不例外。我曾经用它计算过3个位点的HLA的单倍型频率,结果失败了。每次提示都是:” Error: number of alleles too large ( K = 7301, KMAX = 50) at locus 0;Try increasing KMAX in constants.h and recompiling.”后来分析了一下,可能是由于每个位点的等位基因数目太多了,所以造成信息量过大,超出了Phase的运算范围。如果那位高手能解决这个问题,请随时在MSN上给予指点。
后来,我使用了Arlequin计算出了这批数据的单倍型频率,从这方面来说,Arlequin是优于Phase的(当然,Arlequin还可以进行其它非常多种类的运算!)。现在,我就用图示来介绍使用Arlequin计算单倍型频率的方法:
1.获得软件
软件是免费的,下载网址http://lgb.unige.ch/arlequin/software/,分三个版本:for Windows、for Mac OS (PPC)、for Linux (x86),我想大部分人都使用for Windows版本。这个版本包括三个部分,分别是arlequin program (bin)、Java runtime (jre)和Arlequin 2001 update (patch),最好同时下载Arlequin Documentation中的5个文件和Arlequin User Manual(使用手册)。注意:在下载之前要Registration的!
2.安装软件
3个压缩文件必须全部解压!!(很多情况下就是因为忘了解压Java runtime (jre),从而导致arlequin.exe不能运行,因为arlequin必须在Java环境下运行)。解压jre117-win32.exe时,会出现下图:

  • Resize of 01--java.bmp(263.87k)
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2005-04-24 22:34 浏览 : 44652 回复 : 49
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楼主 sandyhelen
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解压jre117-win32.exe时,会出现下图:
2005-04-24 22:40
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楼主 sandyhelen
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3.启动软件
在解压后得到的ArlequinFolder文件夹中双击arlequin.exe文件,如下图:
2005-04-24 22:41
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楼主 sandyhelen
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如果arlequin.exe闪一下就消失了,检查一下你的Java runtime是不是装上了。如果正常启动,就可以见到arlequin.的操作见面,如下图:
2005-04-24 22:42
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