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差异表达基因筛选用什么比较好入门？GEO2R的困惑..

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楼主

t346160819

丁香园准中级站友

1楼

这个帖子发布于5年零251天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已关闭悬赏丁当:20

大家好，我在用GEO2R时经常出现Top250中的基因adjust p value都接近于1，而p value有意义，怎么会这样？如果要将多个芯片的结果放在一起做meta需要SAM，可告知SAM的入门用法吗？谢谢

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2014-12-01 14:18 浏览 : 14621 回复 : 10

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Aijima

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2楼

系统让我来回贴

2014-12-02 13:03 来自 iPhone/iPad客户端

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• 还是典型的CT

丰核生信工程师

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3楼

adj.p.value接近1是常有的情况，可能是数据不好。GEO2R是基于limma包做的，你可以查看一下源代码。
另外，多个数据集合一块做meta分析，不一定要用SAM，limma包也可以做。数据合并的关键在于前期处理，消除批次误差。

2014-12-02 13:49

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楼主

t346160819

丁香园准中级站友

4楼

丰核生信工程师
adj.p.value接近1是常有的情况，可能是数据不好。GEO2R是基于limma包做的，你可以查看一下源代码。
另外，多个数据集合一块做meta分析，不一定要用SAM，limma包也可以做。数据合并的关键在于前期处理，消除批次误差。

谢谢你的回答，数据不好的意思是混杂因素太多了吗？或者是其他？
你有数据合并的步骤吗？好像操作手册中提的很少，谢谢！

2014-12-02 20:13

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