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差异表达基因筛选用什么比较好入门?GEO2R的困惑..

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楼主 t346160819
t346160819
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这个帖子发布于6年零89天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:20
大家好,我在用GEO2R时经常出现Top250中的基因adjust p value都接近于1,而p value有意义,怎么会这样?如果要将多个芯片的结果放在一起做meta需要SAM,可告知SAM的入门用法吗?谢谢
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2014-12-01 14:18 浏览 : 15153 回复 : 10
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系统让我来回贴
2014-12-02 13:03 来自 iPhone/iPad客户端
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adj.p.value接近1是常有的情况,可能是数据不好。GEO2R是基于limma包做的,你可以查看一下源代码。
另外,多个数据集合一块做meta分析,不一定要用SAM,limma包也可以做。数据合并的关键在于前期处理,消除批次误差。
2014-12-02 13:49
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楼主 t346160819
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丰核生信工程师
adj.p.value接近1是常有的情况,可能是数据不好。GEO2R是基于limma包做的,你可以查看一下源代码。
另外,多个数据集合一块做meta分析,不一定要用SAM,limma包也可以做。数据合并的关键在于前期处理,消除批次误差。

谢谢你的回答,数据不好的意思是混杂因素太多了吗?或者是其他?
你有数据合并的步骤吗?好像操作手册中提的很少,谢谢!
2014-12-02 20:13
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