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遗传发育

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【求助】基因多态性研究审稿人的修稿提问

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楼主 罗拉luolaa
罗拉luolaa
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某基因三个位点的基因多态性研究,病例299对照325,得出位点rs2237138与疾病相关,弱阳性(P=0.04),且该位点的突变基因型GG与疾病的decreased suscetpitility相关(OR=0.34,95%CI=0.13-0.84).
审稿人提问如下:
Q2: Did the authors apply any other statistical correction (such as False Discovery Rate) for the adjustment of multiple comparisons?
Q3: The authors found that GG genotypes of rs2237138 could decrease NSOC susceptibility in northern Chinese population,which was inconsistent with former functional studies on JARID2 gene. More evidence-based explanations should be given.
想请教各位专业人士
1.审稿人推荐的统计校正可以用在本实验吗?为什么要进行统计校正?
2.审稿人提出的第二个问题,该如何进行解释?还是我做的实验有问题呢?
不甚感激!
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2014-05-08 14:51 浏览 : 1825 回复 : 12
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waxnm
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honorastar
某基因三个位点的基因多态性研究,病例299对照325,得出位点rs2237138与疾病相关,弱阳性(P=0.04),且该位点的突变基因型GG与疾病的decreased suscetpitility相关(OR=0.34,95%CI=0.13-0.84).
审稿人提问如下:
Q2: Did the authors apply any other statistical correction (such as False Discovery Rate) for the adjustment of multiple comparisons?
Q3: The authors found that GG genotypes of rs2237138 could decrease NSOC susceptibility in northern Chinese population,which was inconsistent with former functional studies on JARID2 gene. More evidence-based explanations should be given.
想请教各位专业人士
1.审稿人推荐的统计校正可以用在本实验吗?为什么要进行统计校正?
2.审稿人提出的第二个问题,该如何进行解释?还是我做的实验有问题呢?
不甚感激!
没人回答,第一个问题我也不懂,不过这2个小木虫的帖子对你应该有用:
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=2300418
http://emuch.net/bbs/viewthread.php?tid=2300422
第二个,我认为就是审稿人看到你的结果和别人的结果不一样( inconsistent with former functional studies),你要对它进行解释,一般如果我的结果和别人的不一样,我首先找看有没有和我结果是一样的文献,来证明一下,我这种结果确实是有可能的,第二,就是找你的文章和别人的文章(就是和你结果不一样的文章)中的差异,比如,研究对象的性别啊,种族啊,区域啊,年龄啊,之类的,反正都可能影响到结果!这也是一种解释!希望对你有用!
2014-05-09 09:11
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honorastar
某基因三个位点的基因多态性研究,病例299对照325,得出位点rs2237138与疾病相关,弱阳性(P=0.04),且该位点的突变基因型GG与疾病的decreased suscetpitility相关(OR=0.34,95%CI=0.13-0.84).
审稿人提问如下:
Q2: Did the authors apply any other statistical correction (such as False Discovery Rate) for the adjustment of multiple comparisons?
Q3: The authors found that GG genotypes of rs2237138 could decrease NSOC susceptibility in northern Chinese population,which was inconsistent with former functional studies on JARID2 gene. More evidence-based explanations should be given.
想请教各位专业人士
1.审稿人推荐的统计校正可以用在本实验吗?为什么要进行统计校正?
2.审稿人提出的第二个问题,该如何进行解释?还是我做的实验有问题呢?
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首先,你的实验结果显示这个位点是 NSOC的保护性位点,OR值也比较明显。
审稿人的两个问题,我理解
第一个就是你的统计方法或者模型至少再用另一种计算下,看看结果如何,还有里面样本的一些不同特质这些有没有什么校正的方式。这方面基本就是数据处理的可信度。
第二个就是改位点所在基因的功能是什么,因为你的这个位点是位于该基因的内含子区域。这个可能得有一个说明或者推论。至于这个位点对于疾病的贡献和所在基因的功能有没有一致,我感觉不是最重要的。关键是你论文最后的结论是什么,怎么下的,这个对于第二个问题很重要。
以上只是个人理解,仅供参考。
我看到很多这种case-control的研究易感位点和疾病关系的文章,基本感觉就是统计学上的比较和猜测,最核心的就是结论如何下,结论不能太随便。如果要得到一比较可靠的结论,是还需要更多的实验来解释的,或者更多的数据。总之假阳性可能会很多。
2014-05-09 09:53
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楼主 罗拉luolaa
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sx子木
没人回答,第一个问题我也不懂,不过这2个小木虫的帖子对你应该有用:
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第二个,我认为就是审稿人看到你的结果和别人的结果不一样( inconsistent with former functional studies),你要对它进行解释,一般如果我的结果和别人的不一样,我首先找看有没有和我结果是一样的文献,来证明一下,我这种结果确实是有可能的,第二,就是找你的文章和别人的文章(就是和你结果不一样的文章)中的差异,比如,研究对象的性别啊,种族啊,区域啊,年龄啊,之类的,反正都可能影响到结果!这也是一种解释!希望对你有用!

我用的这个基因与这个疾病的相关性研究,先前只有一篇文章,样本是意大利人,而且他们做的是家系研究和动物实验,人种不一样得到的结果不一样也是可以理解的。但是只从人种不一样来解释的话似乎证据有些薄弱,而我也没有可以比照的其他文章。还能从哪些方面入手解释呢?
2014-05-09 11:41
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