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求助关于illumina HiSeq 2000数据分析问题

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楼主

入门站友

1楼

这个帖子发布于6年零270天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已关闭悬赏丁当:5

最近在TCGA上下载的illumina HiSeq 2000的数据，但是不知道怎么分析。我的数据包括：
genes，
genes normalized，
exon，
isoforms，
isoforms normalized
junction
六部分，每一部分都是单独的一个文件。
其中
genes包括gene_id，raw_count，scaled_estimate，transcript_id；
genes normalized包括gene_id，normalized_count；
exon包括exon，raw_counts，median_length_normalized，RPKM；
isoforms包括isoform_id，raw_count，scaled_estimate；
isoforms normalized包括isoform_id，normalized_count；
junction包括junction，raw_counts。
我想从中挑选我感兴趣的基因在不同样本中的表达情况，但是不知道对差异表达基因分析应该用哪些数据。下图是对应的部分数据，请高手详细指教。

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2014-04-28 15:04 浏览 : 5816 回复 : 3

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• 首套【肺石医生】表情上架啦，一起斗图吧！

入门站友

2楼

要看表达差异的话，要用RPKM值来做。

2014-04-29 17:52

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• #医生的昵称有多好笑#这是你们热爱工作的表现吗？哈哈哈哈

楼主

入门站友

3楼

嗯，我想知道我的数据应该怎样计算RPKM,请详解，只用我的数据，不需要RPKM公式。非常感谢了！

2014-05-01 03:52 来自 3G版

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常驻站友

4楼

RPKM = (raw_count * 10^9) /(len * all_count)
raw_count 就是原始的reads数
all_count 就是所有的reads数就是把所有的raw_count都加起来
len 是基因长度比较难算，可以看一下别的列有没有

2014-05-13 13:05

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