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论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  NGS & Microarray
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miRNA高通量测序 [精华]

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楼主 ssxie
ssxie
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这个帖子发布于6年零283天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

本人对miRNA研究兴趣深厚，目前的研究涉及miRNA多个层面，最近看到论坛不少战友在询问关于miRNA的问题贴，有时也热心答复，不过本人平时研究任务繁忙，没能看全，所以这此特开miRNA研究专帖，希望对miRNA研究感兴趣的战友来此探讨miRNA研究相关设想或问题。不求做到有问必答，但会尽可能给予回答。
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2014-04-18 21:02 浏览 : 32384 回复 : 174
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ssxie 编辑于 2017-10-27 11:58
  • • 我可能是试工里最主动最傻的那一个
楼主 ssxie
ssxie
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xnzhanshen
多谢楼主，我想问一下，我有多个microRNA,经预测有多个靶点，想把这些靶点进行功能归类，怎么进行啊？

1、miRNA的靶基因预测一般采用几个软件的交集或并集进行，这主要是为了控制靶基因的数量。推荐用miRANDA与targetscan交集的结果比较准确。
2、靶点进行功能归类，用GO和pathway分析，他们是基于不同的数据库，一个是GENE ONTOLOGY,一个是基于KEGG，先将靶基因映射到数据库中，然后算一下富集的显著性，当然会出现多个靶基因出现在同一个pathway，而这些pathway也是比较重要的。对于GO和pathway不能体现的一些关系，可以考虑自行构建netwrok，如IPA分析，可惜费用比较高。同类的软件有metacore等，如果需要免费的，可以用cytoscape。
希望你能满意。
2014-04-20 18:27
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ssxie 编辑于 2014-04-20 18:37
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楼主 ssxie
ssxie
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  • 4楼
提问的人不多哦，我来提问：大家一般分析miRNA deep seq分析用的什么程序或者服务？
我个人觉得miRDeep还不错，一直在用，就是安装起来有点麻烦，不知各位有没好的推荐。
2014-04-24 13:42
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楼主 ssxie
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tanbo110
how do ensemble the de novo miRNA or other ncRNA?
de novo miRNA ? 你的意思是分析测序数据中新的miRNA， 这个你可以用miRDeep2软件，其它ncRNA ，类型挺多的，每种分析方法不同。
2014-04-24 18:39
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