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论坛首页  >  生物信息学讨论版   >  NGS & Microarray
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miRNA高通量测序 [精华]

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楼主 ssxie
ssxie
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这个帖子发布于6年零316天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

本人对miRNA研究兴趣深厚,目前的研究涉及miRNA多个层面,最近看到论坛不少战友在询问关于miRNA的问题贴,有时也热心答复,不过本人平时研究任务繁忙,没能看全,所以这此特开miRNA研究专帖,希望对miRNA研究感兴趣的战友来此探讨miRNA研究相关设想或问题。不求做到有问必答,但会尽可能给予回答。

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2014-04-18 21:02 浏览 : 32670 回复 : 174
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ssxie 编辑于 2017-10-27 11:58
  • • 中年男性,体检发现左肾占位,典型病例,送分题,已公布病理。
xnzhanshen
xnzhanshen
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多谢楼主,我想问一下,我有多个microRNA,经预测有多个靶点,想把这些靶点进行功能归类,怎么进行啊?
2014-04-20 14:38
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楼主 ssxie
ssxie
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xnzhanshen
多谢楼主,我想问一下,我有多个microRNA,经预测有多个靶点,想把这些靶点进行功能归类,怎么进行啊?

1、miRNA的靶基因预测一般采用几个软件的交集或并集进行,这主要是为了控制靶基因的数量。推荐用miRANDA与targetscan交集的结果比较准确。
2、靶点进行功能归类,用GO和pathway分析,他们是基于不同的数据库,一个是GENE ONTOLOGY,一个是基于KEGG,先将靶基因映射到数据库中,然后算一下富集的显著性,当然会出现多个靶基因出现在同一个pathway,而这些pathway也是比较重要的。对于GO和pathway不能体现的一些关系,可以考虑自行构建netwrok,如IPA分析,可惜费用比较高。同类的软件有metacore等,如果需要免费的,可以用cytoscape。
希望你能满意。
2014-04-20 18:27
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ssxie 编辑于 2014-04-20 18:37
  • • 2021年基层医疗机构绩效考核变了,事关医生的钱袋子,速看!
楼主 ssxie
ssxie
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提问的人不多哦,我来提问:大家一般分析miRNA deep seq分析用的什么程序或者服务?
我个人觉得miRDeep还不错,一直在用,就是安装起来有点麻烦,不知各位有没好的推荐。
2014-04-24 13:42
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