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miRNA高通量测序 [精华]

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1楼

这个帖子发布于6年零316天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

本人对miRNA研究兴趣深厚，目前的研究涉及miRNA多个层面，最近看到论坛不少战友在询问关于miRNA的问题贴，有时也热心答复，不过本人平时研究任务繁忙，没能看全，所以这此特开miRNA研究专帖，希望对miRNA研究感兴趣的战友来此探讨miRNA研究相关设想或问题。不求做到有问必答，但会尽可能给予回答。

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2014-04-18 21:02 浏览 : 32670 回复 : 174

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ssxie 编辑于 2017-10-27 11:58

• 中年男性，体检发现左肾占位，典型病例，送分题，已公布病理。

xnzhanshen

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2楼

多谢楼主，我想问一下，我有多个microRNA,经预测有多个靶点，想把这些靶点进行功能归类，怎么进行啊？

2014-04-20 14:38

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• 你见过吗：一侧胸水像牛奶，一侧胸水像橙子汁

楼主

ssxie

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3楼

xnzhanshen
多谢楼主，我想问一下，我有多个microRNA,经预测有多个靶点，想把这些靶点进行功能归类，怎么进行啊？

1、miRNA的靶基因预测一般采用几个软件的交集或并集进行，这主要是为了控制靶基因的数量。推荐用miRANDA与targetscan交集的结果比较准确。
2、靶点进行功能归类，用GO和pathway分析，他们是基于不同的数据库，一个是GENE ONTOLOGY,一个是基于KEGG，先将靶基因映射到数据库中，然后算一下富集的显著性，当然会出现多个靶基因出现在同一个pathway，而这些pathway也是比较重要的。对于GO和pathway不能体现的一些关系，可以考虑自行构建netwrok，如IPA分析，可惜费用比较高。同类的软件有metacore等，如果需要免费的，可以用cytoscape。
希望你能满意。

2014-04-20 18:27

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ssxie 编辑于 2014-04-20 18:37

• 2021年基层医疗机构绩效考核变了，事关医生的钱袋子，速看！

楼主

ssxie

铁杆站友

4楼

提问的人不多哦，我来提问：大家一般分析miRNA deep seq分析用的什么程序或者服务？
我个人觉得miRDeep还不错，一直在用，就是安装起来有点麻烦，不知各位有没好的推荐。

2014-04-24 13:42

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