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【求助】mlpa检测疑惑

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0nin

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1楼

这个帖子发布于7年零11天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

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最近做MLPA检测缺失，目前CCoffalyser分析的结果比较让人为难，比如拿SMA、DMD为例，其携带者与正常比较难定夺。如图1可否结果为SMN1EXON7-8纯合缺失SMN2exon7-8两个拷贝；图2SMN1EXON7-8两个拷贝，SMN2exon7-8四个拷贝；图3SMN2EXON7-8纯合缺失SMN1exon7-8一个拷贝；图4SMN1EXON7-8纯合缺失SMN2exon7-8一个拷贝的结果；图5SMN1EXON7纯合缺失，exon8一个拷贝，SMN2exon7-8两个拷贝。在实验操作方面，一直以MLPA操作的说明书为准，除了该用TE的时候用了DEPC水，在跑胶结果上也有一些问题，如下：
第一，在原始的峰图上面部分峰图呈现一边降落的趋势，应该是某个步骤需要改良，如图6，也有同批次的跑的稍好，如图7，不知道这种情况对结果的影响会如何，如何改进该情况？
第二，跑的序列的size挺一致的，不过距离说明书的标准size总体少个4-5bp，如图8，有三个样本及两个control的bp及height值，这应该是不同仪器的问题，应该不影响结果吧？在此通过软件设置Y-specific fragments，DD FRAG，Ligation dep.，X-specific fragments 5个探针的长度，另外在data filter上的bin set设置actual length应该就可以解决该问题了，在分析方法上一般DMD及SMA大家都选择什么样的分析方法了，在方法上面我还是选择了默认的tumor analysis的方法，不知是否有影响。
望有识之人赐教！
图1