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遗传发育

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【求助】plink进行permutation test

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楼主 fushenghuimeng
fushenghuimeng
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这个帖子发布于7年零206天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:10
用plink分析病例对照研究设计的SNP数据,以GG为参照,想计算GA、AA基因型分别的OR和CI(调整协变量),并且对p值进行置换检验(permutation test)。
1、两种基因型的OR、CI、p的计算是通过logistic--genotypic --hethom--ci 0.95语句运算得到的(看HET和HOM的结果),但是如何对两种基因型的p值进行置换检验就请大侠指点,若直接加上mperm语句,则只能得到等位基因的permutation test结果,而非两种基因型的结果。
2、第二个问题是关于组间对比等位基因频率的,plink默认是将常见等位基因(频率高的)作为参照,如何更改参照,将频率低的等位基因作为参照呢?查看说明书,

Elsewhere in thisdocumentation, the term reference allele is sometimes used to refer to A1, i.e.the

--reference-allelecommand can be used to specify which allele is A1. 在语句中写了--reference-A,但是plink运行后提示语句错误,请大侠指导。
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2013-07-07 09:11 浏览 : 2891 回复 : 2
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loyh
loyh
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您无权限看这个帖子,您的积分需要大于 10 如何获得积分?
2013-07-08 01:01
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能告诉我后来怎么解决的么?
2014-01-06 11:42
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