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【求助】plink进行permutation test

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楼主

fushenghuimeng

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1楼

这个帖子发布于7年零285天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已解决悬赏丁当:10

用plink分析病例对照研究设计的SNP数据，以GG为参照，想计算GA、AA基因型分别的OR和CI（调整协变量），并且对p值进行置换检验（permutation test）。
1、两种基因型的OR、CI、p的计算是通过logistic--genotypic --hethom--ci 0.95语句运算得到的（看HET和HOM的结果），但是如何对两种基因型的p值进行置换检验就请大侠指点，若直接加上mperm语句，则只能得到等位基因的permutation test结果，而非两种基因型的结果。
2、第二个问题是关于组间对比等位基因频率的，plink默认是将常见等位基因（频率高的）作为参照，如何更改参照，将频率低的等位基因作为参照呢？查看说明书，

Elsewhere in thisdocumentation, the term reference allele is sometimes used to refer to A1, i.e.the

--reference-allelecommand can be used to specify which allele is A1. 在语句中写了--reference-A，但是plink运行后提示语句错误，请大侠指导。