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【交流】甲基化：求重亚硫酸盐修饰后DNA碎裂的改进策略

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楼主 waterf21
waterf21
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这个帖子发布于7年零262天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
本人甲基化菜鸟，最近用的EpiTect Bisulfite Kit （Qiagen）重亚硫酸盐试剂盒，修饰前OD260/OD280
测得值1.8左右，DNA浓度10-20ng/ul，修饰后测得DNA浓度20-30ng/ul，并且OD260/OD280
测得值大于3.0，考虑DNA碎裂，单核苷酸形成。
各位对下述问题有何建议：
1.怎样防止DNA碎裂（亚硫酸盐处理试验期间，DNA保护buffer有效 ） 。
2.什么公司的重亚硫酸盐修饰试剂盒处理后的DNA较 稳定，可以继续后续试验。
谢谢！
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2013-05-05 17:37 浏览 : 3579 回复 : 8
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zhouxiaoyu1984
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满意答案
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链，修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多，但是不会影响你后面的试验，比如msp或者bsp。
2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟，不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit
（Base Catalog # P-1001），很好用啊。
2013-05-08 10:02
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waterf21
本人甲基化菜鸟，最近用的EpiTect Bisulfite Kit （Qiagen）重亚硫酸盐试剂盒，修饰前OD260/OD280
测得值1.8左右，DNA浓度10-20ng/ul，修饰后测得DNA浓度20-30ng/ul，并且OD260/OD280
测得值大于3.0，考虑DNA碎裂，单核苷酸形成。
各位对下述问题有何建议：
1.怎样防止DNA碎裂（亚硫酸盐处理试验期间，DNA保护buffer有效 ） 。
2.什么公司的重亚硫酸盐修饰试剂盒处理后的DNA较 稳定，可以继续后续试验。
谢谢！
你好，想请教你几个问题：1、用EpiTect Bisulfite Kit 的最后一步，使用EB洗脱的，如果我想稀释，还是用EB吗？如果都用EN，那些EB试剂够用吗？2、修饰后浓度，吸光度值是不是都不准确了？那怎么确定浓度呢？吸光度值又能代表些什么呢？谢谢
2013-09-26 21:51
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zhouxiaoyu1984
1、DNA被亚硫酸氢盐修饰后会成为单链，修饰以后的DNA肯定会比修饰之前的脆弱很多，但是不会影响你后面的试验，比如msp或者bsp。
2、目前的亚硫酸氢盐修饰的kit应该都很成熟，不会有多大问题。我之前用过Methylamp? DNA Modification Kit
（Base Catalog # P-1001），很好用啊。
真幸福啊，还有试剂盒用，我们都是自己配溶液。。
2013-10-01 20:59
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