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如何处理得到igenomes上那种格式的gtf,ebwt数据

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楼主

常驻站友

1楼

这个帖子发布于7年零278天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

从sra上下载了Ovis aries (sheep)的RNA-Seq数据，准备用Cufflinks和tophat得到基因表达水平，
根据文章（Differential gene and transcript expression analysis of RNA-seq experiments with TopHat and Cufflinks）介绍的步骤，首先要从 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 下载处理好的基因组数据和注释数据，
我现在处理的是Ovis aries (sheep)数据，在 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上没有Ovis aries (sheep)，
请问，如何处理得到 http://tophat.cbcb.umd.edu/igenomes.shtml 上那种格式的gtf,ebwt数据？

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2013-04-18 15:13 浏览 : 18734 回复 : 7

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楼主

emanlee

常驻站友

2楼

已经查到 ebwt 可以用bowtie-build 和 genome sequece 来做。
没有查到 genes.gtf 怎么做。

how to get a gtf file for cufflinks
http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=13625

2013-04-18 22:47

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• （原创）重症高渗高血糖综合征的急诊急救？

楼主

emanlee

常驻站友

4楼

oldfish 谢谢。后来我从NCBI的ftp网站上下载到了Sheep的GFF文件，貌似GFF文件也可以用。

2013-05-03 19:06

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• 今上午写报告遇到的，颅脑MR，您能看出几处异常？据说工作中很罕见！

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