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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  医学遗传学
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【求助】haplo.stats 计算进行单倍体分析,能计算OR吗

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楼主 longjx12345
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这个帖子发布于8年零18天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
haplo.stats 计算进行单倍体分析,能计算OR和95%可信区间吗? 我见别人的文章的能给出,如果能怎么计算,如果不能别人是怎么算出来的?文章理都没交代清楚
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2013-03-30 08:28 浏览 : 2932 回复 : 7
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wudaliming
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你用haplo.stats做过单倍型分析没?如果做过的话就会发现OR和95%置信区间和P值是一起计算出来的。haplo.stats是在R语言环境下操作的,楼主会操作R软件不?
2013-03-30 12:12
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楼主 longjx12345
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2013-03-31 09:39
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楼主 longjx12345
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我的只能算出分值和P值,用的是haplo.score,好像 haplo.cc是可以给出所有结果,但是不能校正性别年龄 haplo.cc命令为

cc.hla <- haplo.cc(y=Y01.vec,geno=Geno,miss.val=NA, locus.label=NA, control = haplo.glm.control(haplo.freq.min = 0.02))

cc.hla
haplo.score的命令为,可以校正性别年龄

Y01.hap.reg.FD <- haplo.score(y=Y01.vec,geno=Geno,trait.type="gaussian",miss.val=NA, locus.label=NA, x.adj=X.adj,skip.haplo)

Y01.hap.reg.FD

我想修改haplo.cc命令校正性别年龄,加了adj=X.adj, X.adj <- data.mat[,c(2:3)]已经赋值,但是出错了
cc.hla <- haplo.cc(y=Y01.vec,geno=Geno,miss.val=NA, locus.label=NA,x.adj=X.adj, control = haplo.glm.control(haplo.freq.min = 0.02))
错误于haplo.cc(y = Y01.vec, geno = Geno, miss.val = NA, locus.label = NA, :
变元((x.adj = X.adj)) 没有用
求高手帮我把haplo.cc命令改成可以校正性别年龄的,谢谢
2013-03-31 09:40
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longjx12345 编辑于 2013-03-31 10:10
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