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肠道菌群16S文库构建

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1楼

这个帖子发布于8年零10天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我想问一下，方法一：直接收集整条肠道菌群构建16S文库与方法二：将肠道分割为前、中、后肠，然后分别构建三个16S文库，将这三个文库的结果合在一起。这两种方法哪种能够更好的反应肠道菌群结构，这两种方法有什么区别吗？比如，将肠道分成三部分建库，然后再将结果合起来，会不会产生菌群的叠加效应，就是原本可能很少的菌就会变得相对很多？或者说某一种菌虽然在前肠中所占比例较高，但是可能对于整条肠道来说所占的比例其实是较少的。请各位大虾帮帮忙，最好是有文献支持的，谢谢了

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2013-02-17 20:25 浏览 : 3438 回复 : 1

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bikexmx 编辑于 2013-02-17 20:50

• 2021博士统考大部分地区基本不会延期！

派森诺生物

常驻站友

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2楼

如果是希望对不同肠段菌群进行比较的话，可以分区域收集菌群后分别建库，这样可以比较肠道各区段微生物组成和丰度的差异。但如果是分区段的方式来检测肠道菌群整体的构成话，应该在后期分析时不能进行简单的叠加，而将每个肠段的样品进行单独分析，这样比较准确。如果是对整体肠道环境进行微生物多样性检测，那么将整个肠道内容物进行取样建库检测就可以了。因为在整个建库过程中，涉及到数次PCR反应，如果分别测序后简单数据叠加会对数据可靠性有一定影响。

2013-02-25 11:06

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• 2021年取消公立医院编制会不会有进一步动作？最新回复来了

hxppxh

屏蔽用户

3楼

派森诺生物
如果是希望对不同肠段菌群进行比较的话，可以分区域收集菌群后分别建库，这样可以比较肠道各区段微生物组成和丰度的差异。但如果是分区段的方式来检测肠道菌群整体的构成话，应该在后期分析时不能进行简单的叠加，而将每个肠段的样品进行单独分析，这样比较准确。如果是对整体肠道环境进行微生物多样性检测，那么将整个肠道内容物进行取样建库检测就可以了。因为在整个建库过程中，涉及到数次PCR反应，如果分别测序后简单数据叠加会对数据可靠性有一定影响。

如果是对整体肠道环境进行微生物多样性检测,该如何取样提取DNA？可以将整个肠子取下来保存在酒精吗？有没有什么方法只提取细菌的DNA而不提取鱼的DNA？

2013-03-05 00:30

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• 逃离东北也许是我这辈子最正确的决定！

blowapc

科研中心-实验中心

丁香园荣誉版主

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4楼

hxppxh
如果是对整体肠道环境进行微生物多样性检测,该如何取样提取DNA？可以将整个肠子取下来保存在酒精吗？有没有什么方法只提取细菌的DNA而不提取鱼的DNA？

可以用生理盐水反复冲洗肠道，这样可以只提取细菌DNA

2013-03-05 16:17

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