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细胞学与信号转导

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论坛首页  >  细胞生物学和信号转导版   >  MicroRNA|RNAi
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长链非编码RNA(lncRNA,lincRNA)数据库资源列表

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楼主 yjhua2110
yjhua2110
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这个帖子发布于8年零56天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。

以下是整理的长链非编码RNA(lncRNA, lincRNA)数据库资源列表。
国内外长非编码RNA的研究刚刚兴起,希望这资源对国内的非编码RNA的研究者有所帮助。
(1)lncRNABase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息和ceRNA调控网络。构建了最全面的包含了14癌症类型(>6000个样本)Pan-Cancer(泛癌)表达图谱和互作网络。这些调控互作网络信息是基于高通量的CLIP-Seq实验数据。网站:http://starbase.sysu.edu.cn/agoClipRNA.php?source=lncRNA 更新: 2018年11月
(2)LNCipedia: 对人类的长链非编码RNA的序列和结构全面的注释。网站:http://www.lncipedia.org 更新:2012年7月
(3) ChIPBase: 提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。网站:http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/ 更新:2017年1月

(4)oncoNcRNA:研究各类非编码RNA(lncRNA,miRNA, piRNA, tRNA和snoRNA等)在肿瘤中的表达模式和作用。这平台包含了64种癌症类型(>20000肿瘤样本和>900种癌症细胞系)的各类非编码RNA的表达和拷贝数变化数据(SCNA)。网站:http://rna.sysu.edu.cn/onconcrna/ 更新:2017年2月

(5)lncRNAdb: 提供有生物学功能的长链非编码RNA的全面注释。这是长链非编码RNA研究领域的大牛John mattick实验室构建的网站。网站:http://www.lncrnadb.org/ 更新:2011年7月

(6)LncRNADisease: 提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。 网站: http://cmbi.bjmu.edu.cn/lncrnadisease 更新:2012年7月

(7)NONCODE:提供对长链非编码RNA的全面注释,包括表达和该团队开发的ncFANs计算机软件预测的lncRNA功能。这是非编码RNA研究的知名数据库,已经更新到第三版。网站: http://www.noncode.org 更新:2012年1月

(8)NRED: 提供人和小鼠的长链非编码RNA在芯片数据的表达信息。这也是John mattick实验室构建的网站。网站:http://jsm-research.imb.uq.edu.au/nred/ 更新: 2009年

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2012-11-30 15:10 浏览 : 86335 回复 : 109
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yjhua2110 编辑于 2018-11-19 10:03
  • • 警惕!碎片化思维正在耽误 200 万年轻医生,弯道超车只需这 1 点
gaoli
gaoli
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不错,学习学习
2012-12-01 10:23
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liu54600liu
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学习!谢谢!
2012-12-05 12:31
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以轻飏
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谢谢,正需要这个。好人一生平安
2012-12-06 20:37
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