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从R中调用Cytoscape绘制复杂网络

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这个帖子发布于8年零127天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
以下内容转自陈X的博客,欢迎讨论。R,治世能臣;Cytoscape,乱世奸雄,两位爱卿可否通力协作,助我顺利毕业?然也!最近在Cytoscape的mail-list上一个很热门的话题就是如何在R中调用Cytoscape绘制复杂的生物网络,从而将R强大的统计功能,尤其是igraph,sna等复杂网络分析包跟Cytoscape灵活的可视化复杂网络分析功能及众多插件结合在一起。昨天,Cytoscape的核心开发人员,UCSD的Keiichiro Ono在Cytoscape的wiki上发了一篇对此的简要教程,Cytoscape And R。在R中调用Cytoscape绘图,基本原理就是利用Cytoscape的RPC插件和Apache的XML RPC库在本机上启动Cytoscape的RPC服务,然后在R中用经过修改的XMLRPC包访问Cytoscape的RPC服务,从而实现R和Cytoscape的交互。1. 安装Cytoscape RPC插件。

  • 从其官方网页上下载最新版的Cytoscape RPC插件,在我码这篇文章的时候最新版是0.95。把Jar文件拷到plugin目录。
  • 然后到Apache的web serive开发项目组网页上下载XMLRPC库,解压后把lib目录下的xmlrpc-common-3.1.3.jar, xmlrpc-server-3.1.3.jar, ws-commons-util-1.0.2.jar三个文件拷到Cytoscape的plugin目录。
  • Cytoscape这边准备完毕。


2. 安装R的XMLRPC包。

  • XMLRPC包依赖于RCurl和XML两个包,所以同学们要先在自己的R里面把这个两个包装好。
  • 然后,到这个地址下载一个经过修改的XMLRPC包。跟安装其它软件包一样:


sudo R CMD INSTALL XMLRPC_0.2-mod.zip
3. 启动Cytoscape,
在plugin菜单下激活RPC插件,默认端口是9000
4. 启动R,加载XMLRPC包和测试用的igraph包:
library(XMLRPC)
library(igraph)
接下来,先通过xml.rpc在Cytoscape中新建一个网络,然后用igraph生成一个网络,并将此网络传给Cytoscape:
xml.rpc('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createNetwork', 'R-Cytoscape Test')
g1 <- barabasi.game(200)
edgelist1 <- get.edgelist(g1)edgeIDs <- xml.rpc
('http://localhost:9000', 'Cytoscape.createEdgesFromVector', edgelist1[,1], edgelist1[,2])
此时,切换到Cytoscape,会看到一个红点。
那其实是一个有两百个节点的网络,只是没有应用任何layout而已。
随便选择一个layout就能看到这个网络了。
高级功能我也在研究中,上面这几个Cytoscape的插件和R的包都还是bug无数,大家使用的时候要随时做好自己debug的准备。
等修炼到一定水平再来更新这篇文章。07-16-2010 Update:有人放出了基于上述原理的R package,详见这里:http://db.systemsbiology.net:8080/cytoscape/gaggle/test/cy2rpc/public/index.html
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2012-09-18 17:21 浏览 : 6008 回复 : 9
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楼主 bioseq
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我从中国测序论坛了解到:
不仅R可以调用,还可以在web中用php方式调用,这样就可以在web中嵌入精美的生物网络图片。
2012-09-18 17:26
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那个笑脸的是什么字符啊?
2012-09-21 15:25
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吴佰霖
那个笑脸的是什么字符啊?

是引号吧
2012-09-21 15:33
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