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Gene Set Enrichment Analysis

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楼主 ghost12315
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这个帖子发布于8年零328天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
还在为基因芯片庞杂的数据头疼吗?
推荐一个简单易行的方法——GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)
请看这篇05年发表在PNAS的文章,其引用次数高达2347次!!!<附件>
接着推荐网站:http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
送上GSEAUserGuide<附件>
推荐使用他们的数据库,有1200多的gene sets可供选择,网址:http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp

以上。


  • r interpreting genome-wide expression profiles.pdf(255.73k)

  • GSEAUserGuide.pdf(1357.8k)
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2012-03-03 11:03 浏览 : 29252 回复 : 42
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楼主 ghost12315
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这不是广告贴,怎么都没有人看呢?
2012-03-07 18:30
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oldbeggar
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经典方法~~顶一个

不过也有问题,比如说没有考虑Gene Set中Gene相互之间的关系~~
2012-03-08 09:11
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楼主 ghost12315
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个人感觉,就像 英雄 与 团队 的关系一样。
在细胞活性中起作用的,不是个别的基因(英雄),而是参与某项功能的一群基因(团队)。
我们现在的着眼点还是在某个基因的功能,将其过表达之后,发现功能强化了,于是......。但是,实际上,细胞中(包括肿瘤细胞),这个基因的表达量并没有过表达的倍数这么高,所以需要引入系统生物学的视角来稍微“宏观”的观察和评价研究细胞的功能。
而gene set正是模糊了个体gene的“强大”功能,而关注与整个功能群体functional pool的作用,因而也更加接近细胞正常情况,也是它的优势所在了。
最近很多文献都开始关注细胞中,代表某项功能的基因群体的表达差异,而非是某一个基因的作用了。
2012-03-09 17:36
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