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Gene Set Enrichment Analysis

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楼主

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1楼

这个帖子发布于8年零328天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

还在为基因芯片庞杂的数据头疼吗？
推荐一个简单易行的方法——GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)
请看这篇05年发表在PNAS的文章，其引用次数高达2347次！！！<附件>
接着推荐网站：http://www.broadinstitute.org/gsea/index.jsp
送上GSEAUserGuide<附件>
推荐使用他们的数据库，有1200多的gene sets可供选择，网址：http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/index.jsp

以上。

r interpreting genome-wide expression profiles.pdf(255.73k)

GSEAUserGuide.pdf(1357.8k)

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2012-03-03 11:03 浏览 : 29252 回复 : 42

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• #医生的昵称有多好笑#这是你们热爱工作的表现吗？哈哈哈哈

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ghost12315

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2楼

这不是广告贴，怎么都没有人看呢？

2012-03-07 18:30

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• 首张“新冠患者分子全景图”

oldbeggar

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3楼

经典方法～～顶一个

不过也有问题，比如说没有考虑Gene Set中Gene相互之间的关系～～

2012-03-08 09:11

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• #医生的昵称有多好笑#这是你们热爱工作的表现吗？哈哈哈哈

楼主

ghost12315

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4楼

个人感觉，就像英雄与团队的关系一样。
在细胞活性中起作用的，不是个别的基因（英雄），而是参与某项功能的一群基因（团队）。
我们现在的着眼点还是在某个基因的功能，将其过表达之后，发现功能强化了，于是......。但是，实际上，细胞中（包括肿瘤细胞），这个基因的表达量并没有过表达的倍数这么高，所以需要引入系统生物学的视角来稍微“宏观”的观察和评价研究细胞的功能。
而gene set正是模糊了个体gene的“强大”功能，而关注与整个功能群体functional pool的作用，因而也更加接近细胞正常情况，也是它的优势所在了。
最近很多文献都开始关注细胞中，代表某项功能的基因群体的表达差异，而非是某一个基因的作用了。

2012-03-09 17:36

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