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如何制作全基因组cnv染色体分布图

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楼主

入门站友

1楼

这个帖子发布于9年零141天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我用penncnv 程序完成了动物的cnv的预测，并由了结果，这个结果是利用SNP50k芯片做的，现在的问题是怎么把cnv的结果用图的形式表现，是用perl,还是R语言编写呢，有哪位高手指点，不胜感谢，急用急用啊，要在染色体上不同颜色标注loss,gain 和loss and gain 的分布，类似于人类的cnv图谱，

跟这张图类似，不知道哪位大侠能解决，急用急用啊！我的邮箱是jsliu588@163.com

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2011-09-05 17:02 浏览 : 9438 回复 : 4

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常驻站友

+5 丁当
2楼

楼主可以尝试Circos 环形图很漂亮。
Perl的话只能SVG做矢量图，不是很好编程，也不太美观。
R/matlab/python作图也有相应的教程。
其实工具不重要，主要是坐标转换的问题，画出来的矢量图用Adobe Illustrator可以美化的。

2011-09-06 14:42

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楼主

入门站友

3楼

我现在主要是做图，也就是有没有现成的程序或者语言呢，兄弟知道这个东西吗！

2011-09-06 17:11

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• 高职晋升加油站

入门站友

4楼

请问楼主是怎么用Penncnv完成的cnv的预测？楼主可以告知方法吗？谢谢

2018-03-12 08:32

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