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【原创】Power/sample size analysis: step-by-step [精华]

入门站友

36楼

请教楼主：我投了一篇文章，被修回，审稿专家要求提供POWER。
1：我的实验采用416例病例和887例对照进行SNP分型，发现了一个SNP位点的基因型在两组间的分布存在显著性差异；其他的SNP位点都无显著性差异，我想请教楼主，所谓的power是不是针对有意义的SNP位点的检验效能，希望通过检验效能来说明其有意义的程度，或是说明研究采用的样本量是否具有足够的说服力？
2：另外用软件进行power计算时需要输入OR，该OR是不是我用已经做出的数据计算得到的OR呢？
3:我计算得到的power=0.75算好还是不好？

2012-03-04 15:19

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楼主

slisten

丁香园中级站友

37楼

yangmei990918
请教楼主：我投了一篇文章，被修回，审稿专家要求提供POWER。
1：我的实验采用416例病例和887例对照进行SNP分型，发现了一个SNP位点的基因型在两组间的分布存在显著性差异；其他的SNP位点都无显著性差异，我想请教楼主，所谓的power是不是针对有意义的SNP位点的检验效能，希望通过检验效能来说明其有意义的程度，或是说明研究采用的样本量是否具有足够的说服力？
2：另外用软件进行power计算时需要输入OR，该OR是不是我用已经做出的数据计算得到的OR呢？
3:我计算得到的power=0.75算好还是不好？

1) simply speaking, statistical power means the probability of not having Type II error (false negative rate). So you are partially right. Increased power means less possible of false negative, which also means increased sensitivity of your study. Two ways to estimate statistical power for SNP association: to calculate power by given sample size, or to calculate the minimum sample size by given power.

2) If you have reference OR (published by other study or in your prospective study), use the reference OR. Otherwise you can use your own OR.

3) power>=0.8 is a general threshold for acceptable power. I guess you know how to calculate, so you can do a little bit parameter setting things...

2012-03-06 11:47

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luthyzy

铁杆站友

38楼

战友们：
您好！
我认真拜读了关于SNP和Power计算的帖子，还是没能解决自己当前迫切的问题。投了一篇文章被修回，comments 如下;
.In the discussion section, the Authors reported that, although the sample size was small, it reached sufficient power to detect the association of ****SNPs with T2DM. Could the Authors reported the sample size and the power calculation? Which program they used for power calculation?
由于作者的败笔，现在用当前的数据是了几个方法，好像Power都是很低，怎么办？样本量如下：
First stage
SNP ID Cases Controls
rs***295 n=105 n=109
TT 43 36
TC 49 47
CC 13 26

Second stage
SNP ID Cases Controls
rs***295 n=176 n=225
TT 57 55
TC 96 122
CC 23 48

2012-03-17 10:47