westernblotx
这个尤其在试剂盒提取的过程中会遇到。Axygen试剂盒的说明书是这样解释的：“……偶尔也会在超螺旋条带前面出现微弱的称谓‘不可逆变性质粒’条带， 这个是碱裂解的副产物。大多数没对这种质粒不起作用，包括限制酶和测序的酶。如果在S2（指的是裂解液）环境中时间过长，会使得不可逆变性的质粒含量增加。”试剂盒给出的建议是在裂解液中的时间不要超过5 min。

这个我也遇到过几次，尤其是一次提很多质粒的情况下，容易出现这个问题。在以前的文章中，有讨论“Ghost band”的，这种情况大概就是属于其中的一种吧。

至于你提取的质粒浓度不高，这个应该和这种条带没有直接或者必然的联系。我个人经验认为他也不影响后续实验，所以我一般不管他。如果你想尝试解决这个问题，尝试缩短理解时间，一般加入裂解液混匀后就直接加入中和液，也许可以使该问题得以解决。或者尝试用较好的质粒提取试剂盒，比如qiagen的或者invitrogen的，看是不是能够解决这个问题。

good luck！

westernblotx
转化子并不一定都是重组子，总是有一定的假阳性。有的时候会得到一些跟载体大小相当的质粒。你第一幅图有两个问题，第一，没有对照。也许你的载体是线性化的，但是你可以找一个跟你的重组质粒大小相近或者比它小点的质粒作对照。第二，3道的质粒能够被切开并不能说明他是其他质粒，因为你不是从同样一管培养液提出来两个质粒，而是分别从不同的转化子提取出来不同的质粒，它能够被酶切说明他很有可能是空载体。