【求助】请教各位高手，质粒提取老是出现一条杂带，是什么原因呢？

各位高手帮帮忙啊，我做连接转化一个多月了均未果，请教各位原因。
我的目的基因是1800bp，连入PMX载体（5800bp）后双酶切鉴定正确，但开始没注意2500bp位置有一条很弱的杂带。后来提去内毒素质粒时发现产量怎么也提不高，以前实验室的师兄师姐们也提过这种大片段质粒，产量很高而且没有这条杂带。拿以前师兄做出来过的菌划板提出来的质粒竟然也出现了杂带，之前师兄做时是没有这条杂带的。

怀疑是污染了别的质粒进去了，但我验证了感受态没问题，在LB平板上不长，提质粒没有条带。培养基，平板，摇菌管，氨苄都换了新的。然后又把质粒单切，胶回收线性条带，连接后转化，提出来的质粒还有这条杂带。

实在不知道是什么原因了!难道一个菌可以进入两个质粒吗？看电泳图赶紧好像是两套质粒的条带。请各位高手帮忙分析一下原因，怎么解决这个问题。谢谢！

泳道1和泳道3：用质粒转化后挑的2个单菌落提取的质粒，泳道3明显是一个杂质粒。泳道2是酶切，但2500bp杂带

不能切开。泳道4又能把泳道3质粒切开。奇怪！难道这个杂带跟泳道3质粒还不是一个东西？