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【求助】在NCBI的dbSNP里如何查找某基因SNP位点的基因频率？

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楼主

fineww

常驻站友

1楼

这个帖子发布于8年零126天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

问题已解决悬赏丁当:10

求助于下各位：

想查找一个已知基因上中国汉族人杂合度较高的SNP位点，已经在NCBI上的bdSNP位点上搜索出了所有SNP位点，点击位点的rs号进去只看到diversify哪里有CUE的等位基因频率，不知道哪里可以查到中国汉族人的等位基因频率呢？再请教一个很基础的问题（实在是以前没接触过遗传啊）：有个ss号到底是什么的编号呢？还有一个snp的好像对应着很多nm号，又是怎么回事呢？是不是指这个snp所在的基因编码了几种不同nm号得蛋白质的意思呢？

非常感谢各位老师的指教！

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2011-08-03 19:56 浏览 : 27741 回复 : 23

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楼主

fineww

常驻站友

14楼

z1206
但是很明显的一件事情是在ncbi的SNP数据库里面同一个rs号的SNP位点的频率在HCB和CHB中是明显不同的，如果HCB和CHB代表同一个意思的话，频率不同是为什么呢？为什么还要分开收录到ncbi里呢？

这个是在hapmap网站上找到的说明，人类基因组计划规定的，应该是最权威了，hapmap不知道的话自己google一下哈
nibi也有相关说明，包含了人类基因组计划以外的一些缩写的说明，您可以自己找一下，拓宽下知识面哟
Population descriptors:ASW: African ancestry in Southwest USA, CEU: Utah residents with Northern and Western European ancestry from the CEPH collection, CHB: Han Chinese in Beijing, China, CHD: Chinese in Metropolitan Denver, Colorado, GIH: Gujarati Indians in Houston, Texas,JPT: Japanese in Tokyo, Japan, LWK: Luhya in Webuye, Kenya, MEX: Mexican ancestry in Los Angeles, California, MKK: Maasai in Kinyawa, Kenya,TSI: Tuscan in Italy, YRI: Yoruban in Ibadan, Nigeria.

2011-11-24 21:58