• 论坛首页
  • 我的丁香客
  • 找人
    查找好友
  • 更多
    丁香园
    丁香通
    丁香人才
    丁香会议
    丁香搜索
    丁香医生
    丁香无线
    丁香导航
    丁当铺
    文献求助
    医药数据库
    丁香诊所
    来问医生
登录 注册

遗传发育

关注今日:1 | 主题:69219
论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  数据分析
  • 发帖
    每发1个新帖
    可以获得0.5个丁当奖励
  • 回帖

分享到:

  • 微信

    微信扫一扫

  • 微博
  • 丁香客
  • 复制网址

【求助】求助蛋白质三维结构预测方法

  • 只看楼主
  • 页码直达:
  • 直达末页
  • 图片模式
楼主 draco603
draco603
常驻站友

  • 3
    积分
  • 80
    得票
  • 80
    丁当
  • 1楼
这个帖子发布于9年零205天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:20
我最近的一个missense mutation,想用蛋白质三维结构预测分析一下它的wild type and mutant在结构上的不同,要求能够用图非常直观的表现在结构上的不同。

大概看了一下,有数不清方法可以做这方面的东西,但我实现没时间去读这些manual了,有谁能介绍个容易上手的方法,做出来的图还能漂亮一点。

无限感谢。

比如以下的几张图片。


  • 邀请讨论
  • 不知道邀请谁?试试他们

    换一换
2011-07-08 19:15 浏览 : 2033 回复 : 2
  • 投票
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 给饶毅教授的回复
slisten
slisten
丁香园中级站友

  • 164
    积分
  • 212
    得票
  • 854
    丁当
  • 2楼
There's no effective way to accurately predict tertiary structure of protein solely by computing!!
Two way can get such pictures:
1) Protein crystal diffraction. It's the most accurate way, but very very difficult to be carried out. It needs some large special instrument and is money-cost.
2) Check databases and publications to find whether other people have solve the protein(domain) structure you are interested in through way 1), or its homolog. You can download the structure file (usually pdb file) and use some small free software to check the position of the mutation lies.

Database: ExPASy or SWISS-MODEL, lots of such database, you can search
Software: pdb viewer, can open pdb file, construct the picture you've seen, customize the display pattern (bond-stick mode or ball mode), highlight any amino acid residue.
2011-07-09 06:47
  • 投票
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 【分享】你所好奇的江苏三甲待遇!
楼主 draco603
draco603
常驻站友

  • 3
    积分
  • 80
    得票
  • 80
    丁当
  • 3楼
appreciate ur thoughtful answers.

I knew two steps are needed to generate this kind of pictures. 1) predicate; 2) let the predicated file viewed.

but my question is I do not want to spend some time to be familiarized with those online tools, but someone could kindly show me a very quickly introduction to learn it quickly.

seems no right way to get it quickly, i have to read the manual.
2011-07-10 18:59
  • 投票
  • 收藏
  • 打赏
  • 引用
  • 分享
    • 微信扫一扫

    • 新浪微博
    • 丁香客
    • 复制网址
  • 举报
    • 广告宣传推广
    • 政治敏感、违法虚假信息
    • 恶意灌水、重复发帖
    • 违规侵权、站友争执
    • 附件异常、链接失效
    • 其他
  • • 给饶毅教授的回复

关闭提示

需要2个丁当

丁香园旗下网站

  • 丁香园
  • 用药助手
  • 丁香通
  • 文献求助
  • 丁香人才
  • 丁香医生
  • 丁香导航
  • 丁香会议
  • 手机丁香园
  • 医药数据库

关于丁香园

  • 关于我们
  • 丁香园标志
  • 友情链接
  • 联系我们
  • 加盟丁香园
  • 版权声明
  • 资格证书

官方链接

  • 丁香志
  • 丁香园新浪微博
引用回复