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遗传发育

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【求助】求助蛋白质三维结构预测方法

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楼主 draco603
draco603
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这个帖子发布于9年零205天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:20
我最近的一个missense mutation,想用蛋白质三维结构预测分析一下它的wild type and mutant在结构上的不同，要求能够用图非常直观的表现在结构上的不同。

大概看了一下，有数不清方法可以做这方面的东西，但我实现没时间去读这些manual了,有谁能介绍个容易上手的方法，做出来的图还能漂亮一点。

无限感谢。

比如以下的几张图片。
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2011-07-08 19:15 浏览 : 2033 回复 : 2
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slisten
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There's no effective way to accurately predict tertiary structure of protein solely by computing!!
Two way can get such pictures:
1) Protein crystal diffraction. It's the most accurate way, but very very difficult to be carried out. It needs some large special instrument and is money-cost.
2) Check databases and publications to find whether other people have solve the protein(domain) structure you are interested in through way 1), or its homolog. You can download the structure file (usually pdb file) and use some small free software to check the position of the mutation lies.

Database: ExPASy or SWISS-MODEL, lots of such database, you can search
Software: pdb viewer, can open pdb file, construct the picture you've seen, customize the display pattern (bond-stick mode or ball mode), highlight any amino acid residue.
2011-07-09 06:47
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楼主 draco603
draco603
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appreciate ur thoughtful answers.

I knew two steps are needed to generate this kind of pictures. 1) predicate; 2) let the predicated file viewed.

but my question is I do not want to spend some time to be familiarized with those online tools, but someone could kindly show me a very quickly introduction to learn it quickly.

seems no right way to get it quickly, i have to read the manual.
2011-07-10 18:59
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