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遗传发育

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【求助】求助haploview挑选SNP

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楼主 wuzhang2050
wuzhang2050
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这个帖子发布于9年零132天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已关闭悬赏丁当:30
想做一个SNP疾病关联研究，需要挑选SNPs。关于这个问题版内有不少帖子，浏览了众多前人的经验和智慧，但我仍有几事不解，悬赏几个丁当意思意思一下，望有识之士不吝赐教（经过自己的摸索，有了些初步的认识，现存在如下的一个问题：）：



在Hapman导出数据时，选取多少kbp？选择不同的时候差别会很大，一般是选多少的呢？hapmap下面图示显示的是mRNA的长度，既然做SNP，应该是DNA全长，即NC号的全长吧。



下面的这段应该是mRNA的长度：
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2011-06-23 17:46 浏览 : 3452 回复 : 7
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wuzhang2050 编辑于 2011-06-24 09:29
  • • 这例卒中不简单
lushun820440
lushun820440
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  • 2楼
没太看懂你的问题，你输入你要研究的基因名不就行了吗

你研究SNP自己不知道研究那个基因或哪一段内的SNP？那就是全基因组扫描了
2011-06-24 21:51
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楼主 wuzhang2050
wuzhang2050
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  • 3楼
谢谢楼上的回复。一般我们选取一个靶基因的时候，都是力求获取这个基因的全部信息。如果不做其他变动，单纯输入基因的名称，默认的是mRNA长度的序列，没有内含子或启动子的信息。

另外，打个比方，针对一个基因，做7个SNPs就可以capture所有的alleles，这是最理想的，所以选取靶基因的时候，如果能力所及，一般会选取尽可能多的基因长度来tag SNP。我觉得这有别于你说的“全基因组扫描”，之所有要tagSNP，就要力求选取的SNP能够capture所有的alleles，当然，有钱的话当然是首选GWS。请问你的意见是这样吗？

当然，我们可以只选取某一段，但必须有足够的依据。
2011-06-24 21:57
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楼主 wuzhang2050
wuzhang2050
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2011-06-26 20:42
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