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遗传发育

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论坛首页  >  遗传学与发育生物学讨论版   >  数据分析
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【专题讨论】关于plink

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楼主 刈_麦_者
刈_麦_者
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这个帖子发布于8年零287天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
最近在自学plink，因为没有遗传学理论知识的基础，对照PLINK的网站说明来学习，很多基础的概念都不是很清楚，特开此贴，以用来向同在学习PLINK或是在PLINK上造诣很深的战友学习。

首先一个问题是：PLINK的简介？

网站说明上好像没有给出一个简介，不知道PLINK到底是用来干什么的？可以干什么？在哪些方面PLINK是有优势的？
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2011-02-23 09:28 浏览 : 60597 回复 : 99
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楼主 刈_麦_者
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  • 2楼
what is "missing rate" and "allele frequenciess"?

I know MAF means minor allele frequency , so when MAF>0.1,it means?

when refers to association analysis, the two sides of association is ?
2011-02-23 10:20
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wudaliming
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  • 3楼
PLINK做遗传分析的软件,一般的统计分析用PLINK可以解决.

你说的allele frequencies指的是等位基因频率, missing rate指的是在做gennotpying时,由于样本质量或者其它原因,会有部分个体得不到allele的信息,这些没办法得到信息的个体占总的个体的比例叫missing rate, 个人理解好像是这样子.
2011-02-23 14:08
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yimaizhe
最近在自学plink，因为没有遗传学理论知识的基础，对照PLINK的网站说明来学习，很多基础的概念都不是很清楚，特开此贴，以用来向同在学习PLINK或是在PLINK上造诣很深的战友学习。

首先一个问题是：PLINK的简介？

网站说明上好像没有给出一个简介，不知道PLINK到底是用来干什么的？可以干什么？在哪些方面PLINK是有优势的？

plink是做关联分析的非常好用的软件， 除关联分析外，它还是一个很好的数据转换的软件，可以和许多软件的输入格式对接。

和plink功能像似的还有GoldenHelix,SHEsis，SPSS。另外plink和haploview被整合的一个软件叫Gplink，可以有图形界面，对讨厌命令行的人有帮助。

plink有help文档，从他们的网站上可以下载。 help文档里有所有plink的功能。他们还有一个概览，使用的是HapMap的虚拟数据做演示，演示了整个关联分析的过程。

优势嘛，要看你喜欢什么样的风格。plink是目前关联分析最受欢迎的软件。
2011-02-23 15:05
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