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谁能介绍一下chip-seq的实验如何设计，数据如何分析啊？

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楼主

铁杆站友

1楼

这个帖子发布于10年零192天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

看看了Chip-seq的原理，好像懂了一些，但是还是不知道Chip-seq的原始数据格式是什么？是很多很短小的fasta序列么？然后mapping到基因组上？都有哪些步骤？有没有那位告知如何分析Chip-seq的数据？采用什么软件，有没有人介绍一下？我自己看了看chipseq的原理，想知道chipseq的数据如何产生的，什么样子，如何分析。谢谢各位帮助！

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2010-07-16 16:53 浏览 : 5045 回复 : 1

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zytony

常驻站友

2楼

chip seq 其实和 chip on chip 类似，只是把拉下的DNA 直接测序，而且一般用35-50测序就足够了，然后map到基因组寻找特异的峰；它的拼接其实和resequence差不多的就是往refsequence上贴瓷砖；
至于数据格式要看你测序的平台，solexa是Fastq；solid是csfasta 和 qual。agliment算法也很多的如：

Solexa:
Eland v2
SOLiD:
BioScope
第三方开源比对工具
Bowtie
Bwa
……

2010-07-16 18:59

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