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【求助】为避免脱靶效应所设计的待筛选的3个siRN***段能否组合成pool转染？

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楼主

lbqlxy

皮肤性病科

入门站友

1楼

这个帖子发布于9年零295天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。

我的目的基因是人 rab23 约2000bp
请公司设计了3个siRN***段位置分别在200 600 800处本打算用来筛选出一个干涉效果好的片段
在复习文献中发现单个片段可能因为脱靶效应影响实验准确性
现在的问题是能否用我现有的3个片段组合成pool（三者各取三分之一的量组成一份）转染细胞？？有无组合的原则？？

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2010-04-02 14:05 浏览 : 1166 回复 : 4

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lmnsmu

铁杆站友

2楼

一般不这样做。
单个片段可能因为脱靶效应而无干扰作用，所以才设计数个片段，通过预实验检测它们哪一个干涉效果好，再用于后续实验。

2010-04-02 14:42

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bigbang_0_0

铁杆站友

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3楼

如果三个oligo都能抑制目的基因的表达，且表型的变化趋势相同，可以初步排除脱靶的可能；
构建RNAi-resistant的过表达质粒，在抑制目的基因的同时过表达RNAi-resistant目的基因，看看因转染siRNA导致的异常表型可否回复正常。若有，则可以肯定，在你所研究的表型上，你所用到的siRNA不存在脱靶效应。

2010-04-03 19:37

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楼主

lbqlxy

皮肤性病科

入门站友

4楼

多谢三楼的建议你设计的实验我大概看懂了因为是实验新手做不了那么深入
我想省略筛选这一步能否直接做成siRNA pool用于实验？
一般siRNA pool 里面的几个siRN***段的选择比例是否有特殊的要求？

2010-04-04 22:46

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