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细胞学与信号转导

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论坛首页  >  细胞生物学和信号转导版   >  MicroRNA|RNAi
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【求助】为避免脱靶效应 所设计的待筛选的3个siRN***段 能否组合成pool转染?

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楼主 lbqlxy
lbqlxy
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这个帖子发布于10年零303天前,其中的信息可能已发生改变或有所发展。
我的目的基因是 人 rab23 约2000bp
请公司设计了3个siRN***段 位置分别在200 600 800处 本打算用来筛选出一个干涉效果好的片段
在复习文献中发现 单个片段可能因为脱靶效应 影响实验准确性
现在的问题是 能否用我现有的3个片段 组合成pool(三者各取三分之一的量组成一份)转染细胞?? 有无组合的原则??
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2010-04-02 14:05 浏览 : 1299 回复 : 4
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lmnsmu
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  • 2楼
一般不这样做。
单个片段可能因为脱靶效应而无干扰作用,所以才设计数个片段,通过预实验检测它们哪一个干涉效果好,再用于后续实验。
2010-04-02 14:42
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bigbang_0_0
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  • 3楼
如果三个oligo都能抑制目的基因的表达,且表型的变化趋势相同,可以初步排除脱靶的可能;
构建RNAi-resistant的过表达质粒,在抑制目的基因的同时过表达RNAi-resistant目的基因,看看因转染siRNA导致的异常表型可否回复正常。若有,则可以肯定,在你所研究的表型上,你所用到的siRNA不存在脱靶效应。
2010-04-03 19:37
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楼主 lbqlxy
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多谢三楼的建议 你设计的实验我大概看懂了 因为是实验新手 做不了那么深入
我想省略筛选这一步 能否直接做成siRNA pool用于实验?
一般siRNA pool 里面的几个siRN***段的选择 比例是否有特殊的要求?
2010-04-04 22:46
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